Reforma wojskowaEdit
W 1648 roku, korzystając z doświadczeń tworzenia regimentów obcego systemu za panowania ojca, Aleksy rozpoczął reformę armii.
Głównym kierunkiem reformy było masowe tworzenie regimentów Nowego Porządku: Reiterów, Żołnierzy, Dragonów i Huzarów. Regimenty te stanowiły trzon nowej armii cara Aleksego. Aby zrealizować cele reformy, zatrudniono do służby wielu europejskich specjalistów wojskowych. Stało się to możliwe dzięki zakończeniu wojny trzydziestoletniej, która stworzyła kolosalny rynek dla specjalistów wojskowych w Europie.
BuntEdit
Przez całe swoje panowanie Aleksy zmagał się z buntami w całej Rosji. Po rozwiązaniu zamieszek wywołanych solą w 1648 r. Aleksy stanął w obliczu buntów w 1650 r. w Pskowie i Nowogrodzie Wielkim. Aleksy szybko stłumił rebelię w Nowogrodzie, ale nie zdołał opanować Pskowa i był zmuszony obiecać miastu amnestię w zamian za poddanie się. Metropolita Nikon odznaczył się w Wielkim Nowogrodzie i w 1651 r. został głównym ministrem cara.
Do lat sześćdziesiątych XVI w. wojny Aleksego z Polską i Szwecją coraz bardziej obciążały rosyjską gospodarkę i finanse publiczne. W odpowiedzi rząd Aleksego rozpoczął w 1654 r. bicie dużej liczby miedzianych monet, aby zwiększyć dochody państwa, ale doprowadziło to do dewaluacji rubla i poważnego kryzysu finansowego. W rezultacie, zły Moskwa mieszkańcy zbuntowali się w 1662 Copper Riot, który został stłumiony brutalnie.
W 1669, Kozacy wzdłuż Donu w południowej Rosji wybuchł w buncie. Na czele rebelii stanął Stenka Razin, zniechęcony Kozak doński, który zdobył rosyjski terminus Astrachań. W latach 1670-1671 Razin zajął wiele miast wzdłuż Wołgi. Punktem zwrotnym w jego kampanii było nieudane oblężenie Simbirska w październiku 1670 roku. Razin został ostatecznie schwytany nad Donem w kwietniu 1671 roku i został wylosowany i poćwiartowany w Moskwie.
Wojna z Safavid IranEdit
W 1651 roku wojska Safawidów zaatakowały rosyjskie fortyfikacje na Kaukazie Północnym. Główną kwestią była rozbudowa rosyjskiego garnizonu nad rzeką Koy Su, a także budowa kilku nowych twierdz, w szczególności tej, która powstała po irańskiej stronie rzeki Terek. Udana ofensywa Safawidów doprowadziła do zniszczenia rosyjskiej twierdzy i wypędzenia jej garnizonu. W 1653 r. Aleksy, początkowo myśląc o wysłaniu Kozaków zaporoskich, ostatecznie zdecydował się na wysłanie ambasady do Persji w celu pokojowego rozwiązania konfliktu. W sierpniu 1653 roku dworzanin książę Iwan Łobanow-Rostow i steward Iwan Komynin udali się z Astrachania do Isfahanu. Szach Abbas II zgodził się na rozwiązanie konfliktu, stwierdzając, że został on wszczęty bez jego zgody.
Wojny z Polską i SzwecjąEdit
W 1653 r. słabość i nieład Polski, która dopiero co wyszła z powstania Chmielnickiego, zachęciły Aleksego do podjęcia próby aneksji ziem dawnej Rusi. 1 października 1653 r. w Moskwie zebrało się zgromadzenie narodowe, aby usankcjonować wojnę i znaleźć środki do jej przeprowadzenia, a w kwietniu 1654 r. wojsko zostało pobłogosławione przez Nikona, wybranego na patriarchę w 1652 r.
Kampania 1654 r. była nieprzerwanym triumfem, a w ręce Rosjan wpadły liczne miasta, w tym ważna twierdza Smoleńsk. Hetman ukraiński Bogdan Chmielnicki zwrócił się do cara Aleksego o ochronę przed Polakami, a traktat w Perejasławiu przyniósł rosyjską dominację nad Hetmanatem Kozackim na lewobrzeżnej Ukrainie.
Latem 1655 r. nagły najazd Karola X szwedzkiego na krótko zmiótł państwo polskie z powierzchni ziemi, co nazwano potopem. Rosjanie, nie stawiając oporu, szybko przywłaszczyli sobie niemal wszystko, co nie było jeszcze zajęte przez Szwedów. Kiedy Polacy zaproponowali negocjacje, całe Wielkie Księstwo Litewskie było najmniejszym z żądań Aleksego. Jednak Aleksy i król Szwecji pokłócili się o podział łupów i pod koniec maja 1656 r., przy zachęcie cesarza Habsburgów i innych wrogów Szwecji, Aleksy wypowiedział wojnę Szwecji.
Rosja spodziewała się wielkich rzeczy po wojnie szwedzkiej, ale nic z niej nie wyszło. Dorpat został zdobyty, ale niezliczone rzesze ludzi zostały stracone na próżno przed Rygą. W międzyczasie Polska tak dalece się odbudowała, że stała się znacznie groźniejszym wrogiem niż Szwecja, a ponieważ nie można było prowadzić wojny z oboma krajami jednocześnie, car postanowił najpierw pozbyć się Szwedów. W pokoju w Kardis (2 lipca 1661) Rosja zrzekła się wszystkich swoich zdobyczy. Wojna polska ciągnęła się jeszcze przez sześć lat, po czym została zakończona rozejmem w Andruszowie (11 lutego 1667), zawartym nominalnie na trzynaście lat, który okazał się najtrwalszym z traktatów. Zgodnie z nim do Polski powrócił Połock i polskie Liwonia, ale ważniejsze miasta Smoleńsk i Kijów pozostały w rękach Rosji wraz z całym wschodnim brzegiem Dniepru. Rozejm ten był zasługą Afanazego Ordyn-Naszczokina, pierwszego rosyjskiego kanclerza i dyplomaty w nowoczesnym znaczeniu tego słowa, który po kompromitacji Nikona został pierwszym ministrem cara aż do 1670 r., kiedy to zastąpił go równie zdolny Artamon Matwiejew, którego dobroczynny wpływ utrzymał się do końca panowania Aleksego.
Reakcja na angielską wojnę domowąEdit
Gdy Karol I angielski został ścięty przez parlamentarzystów pod wodzą Olivera Cromwella w 1649 roku, oburzony Aleksy zerwał stosunki dyplomatyczne z Anglią i przyjął w Moskwie uchodźców rojalistycznych. Zakazał także wstępu do swego kraju wszystkim angielskim kupcom (zwłaszcza członkom Kompanii Moskiewskiej) i zapewnił pomoc finansową „pogrążonej w smutku wdowie po tym chwalebnym męczenniku, królu Karolu I.”
Schizma ze staroobrzędowcamiEdit
W 1653 roku patriarcha Nikon ustanowił serię reform, które miały na celu dostosowanie praktyk Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego do jego greckiego odpowiednika. Przede wszystkim Cerkiew zaczęła nakazywać używanie trzech palców zamiast dwóch przy wykonywaniu znaku krzyża. Wywołało to znaczną niezgodę wśród wspólnoty kościelnej. Mimo to Aleksy nadal popierał Nikona aż do 1658 roku, kiedy to opuścił on swoje stanowisko z powodu osobistej zniewagi, pozostawiając miejsce patriarchy puste.
W 1666 roku car zwołał Wielki Synod Moskiewski, w którym wzięli udział patriarcha Antiochii Makariusz III i patriarcha Aleksandrii Paisjusz, w celu rozwiązania problemów spowodowanych przez Nikona. Synod zgodził się na formalne usunięcie Nikona, a także postanowił obłożyć ekskomuniką wszystkich, którzy sprzeciwiali się reformom kościoła; ci przeciwnicy oderwali się od oficjalnego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, tworząc ruch staroobrzędowców.