MilitærreformRediger
I 1648 begyndte Alexis at reformere hæren ved hjælp af erfaringerne fra oprettelsen af regimenter i det udenlandske system under sin fars regeringstid.
Den vigtigste retning i reformen var masseoprettelsen af regimenter af ny orden: Reitere, soldater, dragoner og husarer. Disse regimenter udgjorde rygraden i zar Alexis’ nye hær. For at opfylde reformmålene blev et stort antal europæiske militære specialister ansat til tjeneste. Dette blev muligt på grund af afslutningen af Trediveårskrigen, som skabte et kolossalt marked for militære fagfolk i Europa.
OpstandeRediger
Igennem hele sin regeringstid stod Alexei over for oprør i hele Rusland. Efter at have løst saltoprøret i 1648 stod Aleksej over for oprør i 1650 i byerne Pskov og Store Novgorod. Alexei slog Novgorod-oprøret hurtigt ned, men var ikke i stand til at undertrykke Pskov, og han blev tvunget til at love byen amnesti til gengæld for overgivelse. Metropolitten Nikon udmærkede sig i Store Novgorod og blev i 1651 zarens øverste minister.
I 1660’erne havde Alexei’s krige med Polen og Sverige lagt et stigende pres på den russiske økonomi og de offentlige finanser. Som reaktion herpå var Alexei’s regering i 1654 begyndt at præge et stort antal kobbermønter for at øge statens indtægter, men dette førte til en devaluering af rublen og en alvorlig finanskrise. Som følge heraf gjorde vrede indbyggere i Moskva oprør i kobberoprøret i 1662, som blev slået ned med vold.
I 1669 brød kosakkerne langs Don i det sydlige Rusland ud i oprør. Oprøret blev ledet af Stenka Razin, en utilfreds Don-kosak, som havde indtaget den russiske endestation Astrakhan. Fra 1670 til 1671 erobrede Razin flere byer langs Volga-floden. Vendepunktet i hans felttog var hans mislykkede belejring af Simbirsk i oktober 1670. Razin blev endelig taget til fange ved Don i april 1671, og han blev indkaldt og indkvarteret i Moskva.
Krig mod Safavid IranRediger
I 1651 angreb safavidiske tropper russiske befæstninger i det nordlige Kaukasus. Hovedspørgsmålet drejede sig om udvidelsen af en russisk garnison ved Koy Su-floden, samt om opførelsen af flere nye fæstninger, især den, der blev bygget på den iranske side af Terek-floden. Den vellykkede safavidiske offensiv resulterede i, at den russiske fæstning blev ødelagt, og at garnisonen blev fordrevet. I 1653 besluttede Alexis, der i første omgang overvejede at sende zaporozhianske kosakker, i sidste ende at sende en ambassade til Persien for at få en fredelig løsning på konflikten. I august 1653 rejste hofmanden prins Ivan Lobanov-Rostov og steward Ivan Komynin fra Astrakhan til Isfahan. Shah Abbas II indvilligede i at bilægge konflikten og erklærede, at konflikten var blevet indledt uden hans samtykke.
Krige mod Polen og SverigeRediger
I 1653 tilskyndede svagheden og uordenen i Polen, som netop var kommet ud af Khmelnytsky-opstanden, Alexei til at forsøge at annektere de gamle Rus’ lande. Den 1. oktober 1653 mødtes en nationalforsamling i Moskva for at sanktionere krigen og finde midlerne til at gennemføre den, og i april 1654 blev hæren velsignet af Nikon, der var blevet valgt som patriark i 1652.
Feltoget i 1654 var en uafbrudt triumf, og snesevis af byer, herunder den vigtige fæstning Smolensk, faldt i russernes hænder. Den ukrainske hetman Bogdan Khmelnitsky appellerede til zar Alexei om beskyttelse mod polakkerne, og Pereyaslav-traktaten medførte russisk dominans over kosakhetmanatet på venstre bred i Ukraine.
I sommeren 1655 fejede en pludselig invasion fra Karl X af Sverige kortvarigt den polske stat ud af livet, i det, der blev kendt som syndfloden. Russerne tilegnede sig hurtigt, uden modstand, næsten alt, hvad der ikke allerede var besat af svenskerne. Da polakkerne tilbød at forhandle, var hele storhertugdømmet Litauen det mindste af de krav, som Alexei stillede. Alexei og den svenske konge kom imidlertid op at skændes om fordelingen af byttet, og i slutningen af maj 1656 erklærede Alexei med opmuntring fra den habsburgske kejser og Sveriges andre fjender Sverige krig.
Rusland forventede sig store ting af den svenske krig, men der kom intet ud af den. Dorpat blev indtaget, men utallige skarer af mænd gik forgæves tabt foran Riga. I mellemtiden havde Polen i så høj grad genvundet sig selv, at det blev en langt farligere fjende end Sverige, og da det var umuligt at føre krig mod begge på samme tid, besluttede zaren at befri sig for svenskerne først. I freden i Kardis (2. juli 1661) gav Rusland alle sine erobringer tilbage.
Den polske krig trak ud i seks år mere og blev derefter afsluttet med våbenhvilen i Andrusovo (11. februar 1667), nominelt for tretten år, som viste sig at være den mest holdbare af traktaterne. I henhold til våbenhvilen blev Polotsk og det polske Livland tilbageleveret til Polen, men de vigtigere byer Smolensk og Kiev forblev på Ruslands hænder sammen med hele den østlige bred af Dnepr-floden. Denne våbenhvile var et resultat af Afanasy Ordin-Nashchokin, den første russiske kansler og diplomat i moderne forstand, som efter Nikons vanære blev zarens første minister indtil 1670, hvor han blev afløst af den lige så dygtige Artamon Matveyev, hvis velgørende indflydelse var fremherskende til slutningen af Alexei’s regeringstid.
Reaktion på den engelske borgerkrigRediger
Da Karl 1. af England blev halshugget af parlamentarikerne under Oliver Cromwell i 1649, afbrød en forarget Alexei de diplomatiske forbindelser med England og tog imod royalistiske flygtninge i Moskva. Han forbød også alle engelske købmænd fra sit land (især medlemmer af Moskva-kompagniet) og ydede økonomisk bistand til “den trøstesløse enke efter den glorværdige martyr, kong Karl I.”
Skisma med de gammeltroendeRediger
I 1653 etablerede patriark Nikon en række reformer, der havde til formål at bringe den russisk-ortodokse kirkes praksis på linje med dens græske modstykke. Mest bemærkelsesværdigt var, at kirken begyndte at foreskrive brugen af tre fingre i stedet for to til at lave korsets tegn. Dette resulterede i en betydelig uenighed i kirkesamfundet. Ikke desto mindre fortsatte Alexei med at støtte Nikon indtil 1658, hvor Nikon forlod sin post på grund af en personlig fornærmelse og efterlod patriarkens sæde ledigt.
I 1666 indkaldte zaren den store synode i Moskva, som havde deltagelse af patriark Macarios III af Antiokia og patriark Paisius af Alexandria, med henblik på at løse de problemer, som Nikon havde forårsaget. Synoden blev enig om formelt at afsætte Nikon og besluttede også at ekskommunikere alle, der modsatte sig kirkens reformer; disse modstandere brød ud af den officielle russisk-ortodokse kirke og dannede bevægelsen Old Believers.