Po rewolucji kubańskiej w 1959 r. Kuba ograniczyła praktyki religijne, co doprowadziło do prześladowań wielu katolików na uniwersytetach i w miejscach pracy. Poprzez swoją konstytucję rząd uznaje prawo obywateli do wyznawania i praktykowania wszelkich przekonań religijnych w ramach poszanowania prawa; jednak w praktyce rząd nakłada ograniczenia na wolność religijną.

Badania podobno próbowały powiązać religie afro-kubańskie z chorobami psychicznymi.Kampania na rzecz wykorzenienia dyskryminacji rasowej na Kubie była (i jest) wykorzystywana jako powód do zakazu tworzenia afrokubańskich instytucji, ponieważ takie działania zostały uznane za rasistowskie podziały.

Lata 70-te były burzliwe, a wielu wierzących postanowiło ukryć swoją wiarę w odpowiedzi na prześladowania ze strony państwa. Wielu rodziców nie chciało obarczać swoich dzieci trudnościami, które odziedziczyłyby, gdyby zostały ochrzczone jako chrześcijanie i dlatego nie wychowywali ich w ten sposób. W 1971 roku archidiecezja Hawany odnotowała tylko 7000 chrztów, w 1989 roku liczba ta wzrosła do 27 609, a w 1991 do 33 569.

W 1985 roku Rada Państwa w Hawanie opublikowała bestsellerową książkę zatytułowaną Fidel i religia, która była skróconym zapisem 23 godzin wywiadów pomiędzy Fidelem Castro a brazylijskim zakonnikiem zajmującym się teologią wyzwolenia o imieniu Frei Betto, który poza publikacją przypisywał sobie odpowiedzialność za wykluczenie nie-ateistów z członkostwa w Partii Komunistycznej na podstawie tego, że:

To, czego się domagaliśmy, to pełne przestrzeganie marksizmu-leninizmu… Każdy, kto wstępował do partii miał akceptować jej politykę i doktrynę we wszystkich aspektach.

W następnych latach i po upadku Związku Radzieckiego państwo przyjęło bardziej ugodowe stanowisko wobec religii i zmniejszyło promocję ateizmu. W listopadzie 1991 r. partia komunistyczna zaczęła dopuszczać do swoich szeregów ludzi wierzących. W lipcu 1992 roku konstytucja została zmieniona, aby usunąć definicję Kuby jako państwa opartego na marksizmie-leninizmie i dodano artykuł 42, zakazujący dyskryminacji ze względu na przekonania religijne.

Jednakże na początku lat 90-tych, po trzech dekadach państwowego ateizmu, społeczeństwo kubańskie uległo prawie całkowitej sekularyzacji. Tygodniowa frekwencja w kościele na 11-milionowej wyspie została oszacowana na około 250 000 lub około 2% populacji (z równym podziałem na katolików i protestantów).Kuba miała mniej księży na mieszkańca niż jakikolwiek inny kraj Ameryki Łacińskiej.

Od 1998 roku ograniczenia zostały złagodzone, a wyzwania instytucji państwowych wobec prawa do wiary również złagodzone, chociaż kościół nadal napotyka ograniczenia w komunikacji pisemnej i elektronicznej i może przyjmować darowizny tylko z zatwierdzonych przez państwo źródeł finansowania. Kościół katolicki składa się z Konferencji Biskupów Katolickich Kuby (COCC), na której czele stoi Jaime Lucas Ortega y Alamino, kardynał arcybiskup Hawany. Ma jedenaście diecezji, 56 zakonów sióstr zakonnych i 24 zakony kapłańskie.

Konferencja Episkopatu Kuby jest bardzo krytyczna wobec amerykańskiego embarga wobec Kuby i twierdzi, że cała ludność cierpi z tego powodu. Konferencja Biskupów Katolickich Stanów Zjednoczonych była pod wpływem tego i argumentował, że żywność i leki powinny być wyłączone z embarga.

W styczniu 1998 roku, papież Jan Paweł II złożył historyczną wizytę na wyspie na zaproszenie rządu kubańskiego i Kościoła katolickiego. Podczas swojej wizyty skrytykował blokadę USA.

20 października 2008 r. podczas oficjalnej ceremonii z udziałem Raula Castro otwarto pierwszą cerkiew prawosławną na Kubie.

.