Na de Cubaanse Revolutie van 1959 legde Cuba religieuze praktijken aan banden, wat leidde tot de vervolging van vele katholieken op universiteiten en werkplekken. In haar grondwet erkent de regering het recht van de burgers om elke religieuze overtuiging te belijden en te praktiseren binnen het kader van de eerbiediging van de wet; in de praktijk legt de regering echter beperkingen op aan de godsdienstvrijheid.

In studies is naar verluidt getracht een verband te leggen tussen Afro-Cubaanse religies en geestesziekten.De campagne voor de uitroeiing van rassendiscriminatie in Cuba werd (en wordt) gebruikt als reden om de oprichting van Afro-Cubaanse instellingen te verbieden, omdat dit als raciale verdeeldheid werd bestempeld.

De jaren zeventig waren turbulent, en veel gelovigen besloten hun geloof te verbergen als reactie op de vervolging door de staat. Veel ouders wilden hun kinderen niet belasten met de ontberingen die zij zouden erven als zij als christen werden gedoopt en voedden het daarom niet als zodanig op. In 1971 meldde het aartsbisdom Havana slechts 7000 doopsels; in 1989 was dit aantal gestegen tot 27.609 en in 1991 tot 33.569.

In 1985 publiceerde de Raad van State in Havana een bestseller onder de titel Fidel en Religie, dat het verkorte transcript was van 23 uur interviews tussen Fidel Castro en een Braziliaanse bevrijdingstheologiebroeder genaamd Frei Betto, die buiten de publicatie de verantwoordelijkheid toeschreef voor het uitsluiten van niet-atheïsten van het lidmaatschap van de Communistische Partij met als argument dat:

Wat wij eisten was volledige toetreding tot het marxisme-leninisme… Iedereen die lid werd van de partij werd geacht het beleid en de doctrine van de partij in alle opzichten te aanvaarden.

In de daaropvolgende jaren en na de ineenstorting van de Sovjet-Unie, nam de staat een meer verzoenende houding aan ten opzichte van religie en verminderde zijn bevordering van atheïsme. In november 1991 begon de Communistische Partij gelovigen in haar rangen toe te laten. In juli 1992 werd de grondwet gewijzigd om de definitie van Cuba als een staat gebaseerd op marxisme-leninisme te schrappen, en werd artikel 42 toegevoegd, dat discriminatie op grond van godsdienstige overtuiging verbiedt.

Tegen het begin van de jaren negentig was de Cubaanse samenleving echter, na drie decennia staatsatheïsme, bijna volledig geseculariseerd. De wekelijkse kerkgang op het eiland van 11 miljoen werd geschat op ongeveer 250.000 of ongeveer 2% van de bevolking (met een gelijke verdeling tussen katholieken en protestanten).Cuba had minder priesters per hoofd van de bevolking dan enig ander Latijns-Amerikaans land.

Sinds 1998 zijn de beperkingen versoepeld en zijn ook de betwistingen door staatsinstellingen van het recht op geloofsovertuiging verminderd, hoewel de kerk nog steeds te maken heeft met beperkingen op schriftelijke en elektronische communicatie en alleen schenkingen uit door de staat goedgekeurde financieringsbronnen mag aanvaarden. De katholieke kerk bestaat uit de Katholieke Bisschoppenconferentie van Cuba (COCC), geleid door Jaime Lucas Ortega y Alamino, kardinaal-aartsbisschop van Havana. Het heeft elf bisdommen, 56 nonnenordes en 24 priesterordes.

De Cubaanse Bisschoppenconferentie heeft zich zeer kritisch uitgelaten over het VS-embargo tegen Cuba en heeft beweerd dat de gehele bevolking eronder heeft geleden. De Conferentie van Katholieke Bisschoppen van de Verenigde Staten is hierdoor beïnvloed en heeft betoogd dat voedsel en medicijnen van het embargo moeten worden uitgesloten.

In januari 1998 bracht Paus Johannes Paulus II een historisch bezoek aan het eiland op uitnodiging van de Cubaanse regering en de Katholieke Kerk. Hij bekritiseerde de Amerikaanse blokkade tijdens zijn bezoek.

Op 20 oktober 2008 werd de eerste orthodoxe kerk in Cuba geopend tijdens een officiële ceremonie die werd bijgewoond door Raúl Castro.