Il modo migliore per identificare il millefoglio acquatico (M. verticillatum) è guardare i suoi due diversi tipi di foglie. Il primo tipo è la foglia sommersa, che sembra piumosa e contiene circa 5-14 coppie di foglioline per foglia. I verticilli lungo il fusto contengono da 4 a 5 foglie, che sono distanziate di circa 1 cm. L’altro tipo è conosciuto come foglie emergenti. Queste foglie si trovano sulla spiga emergente e sono pennaticamente lobate. Da giugno a settembre il millefoglio acquatico produce fiori e frutti sopra o sulla superficie dell’acqua su spighe erette lungo le foglie emergenti. Le foglie emergenti sono tipicamente due o più volte più lunghe dei fiori e dei frutti.

Un altro modo per distinguere il millefoglio acquatico è quello di cercare i turioni, boccioli invernali che appaiono verso la fine della sua stagione di crescita. Questo millefoglio è uno dei pochi che produce turioni. Questa caratteristica può anche escludere altri tipi di millefoglie d’acqua che mancano di turioni come il millefoglio d’acqua eurasiatico, la piuma di pappagallo, il millefoglio d’acqua ibrido e il millefoglio d’acqua bassa. I turioni di questo millefoglio hanno l’aspetto di lunghe gemme verdi-giallastre a forma di clava con piccole foglie rigide attaccate al gambo sommerso. In primavera, dopo la dormienza, i piccoli e spessi turioni verde scuro si espandono e crescono dallo stelo. Mentre la pianta sviluppa le radici e continua a crescere, le foglie estive verdi più grandi vengono prodotte sulla punta della pianta. Le foglie di turione possono essere viste alla base della pianta a volte fino a luglio. In autunno i turioni, con qualche altro materiale vegetale, spesso si staccano dalla maggior parte della pianta radicata e galleggiano in nuove aree. Questi frammenti possono essere trovati lungo i litorali nel tardo autunno. Gli steli del millefoglio d’acqua a spirale si formano in stuoie da steli ramificati e non ramificati che crescono fino a 20 a 100 pollici di lunghezza.