Après la révolution cubaine de 1959, Cuba a restreint la pratique religieuse, entraînant la persécution de nombreux catholiques dans les universités et sur les lieux de travail. Par sa constitution, le gouvernement reconnaît le droit des citoyens à professer et à pratiquer toute croyance religieuse dans le cadre du respect de la loi ; cependant, dans la pratique, le gouvernement impose des restrictions à la liberté religieuse.

Des études auraient tenté de relier les religions afro-cubaines aux maladies mentales.La campagne pour l’éradication de la discrimination raciale à Cuba a été (et est) utilisée comme une raison pour interdire la création d’institutions afro-cubaines, parce que faire cela était étiqueté comme une division raciale.

Les années 1970 ont été turbulentes, et de nombreux croyants ont décidé de cacher leur foi en réponse à la persécution de l’État. De nombreux parents ne voulaient pas imposer à leurs enfants les difficultés dont ils hériteraient s’ils étaient baptisés en tant que chrétiens et ne l’élevaient donc pas comme tel. En 1971, l’archidiocèse de La Havane ne signalait que 7000 baptêmes, en 1989, ce chiffre est passé à 27 609 et en 1991 à 33 569.

En 1985, le Conseil d’État de La Havane a publié un livre à succès intitulé Fidel et la religion, qui était la transcription abrégée de 23 heures d’entretiens entre Fidel Castro et un frère brésilien spécialiste de la théologie de la libération nommé Frei Betto, qui, en dehors de la publication, a revendiqué la responsabilité de l’exclusion des non-athées de l’adhésion au Parti communiste au motif que :

Ce que nous demandions, c’était l’adhésion totale au marxisme-léninisme… Toute personne rejoignant le parti était censée accepter la politique et la doctrine du parti à tous égards.

Dans les années suivantes et après l’effondrement de l’Union soviétique, l’État a adopté une position plus conciliante envers la religion et a diminué sa promotion de l’athéisme. En novembre 1991, le parti communiste a commencé à admettre des croyants dans ses rangs. En juillet 1992, la Constitution a été modifiée pour supprimer la définition de Cuba comme un État fondé sur le marxisme-léninisme, et l’article 42 a été ajouté, interdisant la discrimination sur la base de la croyance religieuse.

Cependant, au début des années 1990, après trois décennies d’athéisme d’État, la société cubaine s’est presque totalement sécularisée. La fréquentation hebdomadaire des églises sur l’île de 11 millions d’habitants était estimée à environ 250 000 personnes, soit environ 2 % de la population (avec une répartition égale entre catholiques et protestants).Cuba avait moins de prêtres par habitant que tout autre pays d’Amérique latine.

Depuis 1998, les restrictions ont été assouplies et les contestations du droit de croyance par les institutions de l’État également, bien que l’église soit toujours confrontée à des restrictions sur la communication écrite et électronique et ne puisse accepter que des dons provenant de sources de financement approuvées par l’État. L’Église catholique est composée de la Conférence des évêques catholiques de Cuba (COCC), dirigée par Jaime Lucas Ortega y Alamino, cardinal-archevêque de La Havane. Elle compte onze diocèses, 56 ordres de religieuses et 24 ordres de prêtres.

La Conférence épiscopale cubaine a été très critique à l’égard de l’embargo américain contre Cuba et a affirmé que toute la population en avait souffert. La Conférence des évêques catholiques des États-Unis a été influencée par cela et a fait valoir que la nourriture et les médicaments devraient être exclus de l’embargo.

En janvier 1998, le pape Jean-Paul II a effectué une visite historique sur l’île à l’invitation du gouvernement cubain et de l’Église catholique. Il a critiqué le blocus américain lors de sa visite.

Le 20 octobre 2008, la première église orthodoxe de Cuba a été inaugurée lors d’une cérémonie officielle en présence de Raúl Castro.