Alors que les anticorps ont été au centre des tests pour l’infection passée au COVID-19, Les cellules T fourniront également des informations, potentiellement meilleures, selon les experts.

Ces lymphocytes sont les premiers intervenants qui coordonnent ensuite la réponse immunitaire tout en construisant une empreinte, une mémoire, de sorte que les infections ultérieures s’estompent rapidement, souvent de manière inaperçue.

Les tests de cellules T sont plus complexes et généralement réservés à la recherche, mais certains pourraient bientôt arriver en clinique, avec au moins une société demandant une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) de la FDA. Des études récentes indiquent que le dosage des cellules T peut même améliorer la précision du diagnostic et peut-être même prédire le déroulement du COVID-19.

« Le test des réponses des cellules T peut accélérer la détection d’une infection de près d’une semaine. Les cellules arrivent le deuxième jour et se divisent très rapidement, pour atteindre des niveaux détectables dès 3 ou 4 jours après l’infection », a déclaré Dawn Jelley-Gibbs, PhD, qui a étudié les cellules T dans la grippe à l’Institut Trudeau à Saranac Lake, New York.

« Identifier les personnes qui ont été infectées et sont devenues immunisées pourrait avoir d’énormes avantages pour permettre à la société de revenir à la normale en toute sécurité ». De nombreux tests d’anticorps existent, mais des doutes subsistent quant à leur fiabilité et à la longévité des anticorps après l’infection », a déclaré Maria Oliver, PhD, scientifique senior chez Indoor Biotechnologies en Grande-Bretagne, l’une des nombreuses sociétés développant des tests cliniques de cellules T.

Bases des cellules T

Les cellules T descendent des cellules souches de la moelle osseuse. Au cours de leur développement, ils migrent vers le thymus (d’où le « T »), où ils présentent des antigènes qui sont réduits à ceux qui reconnaissent le soi. Les antigènes permettent de distinguer des sous-types : Les cellules T CD4 (« auxiliaires ») reconnaissent les antigènes étrangers sur les macrophages, stimulent les cellules B pour produire des anticorps, sécrètent des cytokines et activent les cellules T CD8 (« cytotoxiques »). Les cellules T CD8 font éclater les cellules infectées par des virus.

Les récepteurs des cellules T (TCR) sont étonnamment diversifiés. Les chercheurs ont évalué la diversité des TCR en utilisant la liaison à des quatuors variés (« tétramères ») des peptides du CMH que présentent les macrophages. ImmuneCODE, une base de données ouverte d’Adaptive Biotechnologies et de Microsoft, approche les 2 milliards de TCR séquencés, ce qui nécessite une approche d’apprentissage automatique pour les distinguer.

La bonne nouvelle est que dans le COVID-19, les cellules T apparaissent un jour ou deux après le début des symptômes, se lient au virus à plusieurs sites et persistent – jusqu’à présent.

Des chercheurs de l’Université de Fribourg en Allemagne ont suivi les cellules T CD8 de 26 patients convalescents pendant 100 jours et ont rapporté leurs conclusions dans Nature Medicine.

« Comme nous n’avons pas observé de déclin substantiel pendant le suivi, nous supposons que la réponse des cellules T CD8 à mémoire reste soutenue pendant une période plus longue, plus d’un an. Mais seules des études longitudinales sur une longue période prouveront que cette hypothèse est juste ou fausse », a déclaré l’auteur correspondant Christoph Neumann-Haefelin, MD.

De nombreux chercheurs espèrent que la réponse des cellules T reflétera celle du SRAS et du MERS : 2 à 10 ans.

Une brève histoire des cellules T dans le COVID-19

Les cellules T ont été lentes à apparaître dans le paysage des tests COVID parce qu’il est difficile de travailler avec elles ; les protocoles varient et la normalisation est difficile. Un labyrinthe de littérature sur les cellules T dans le COVID s’est étendu au milieu de l’été, alors qu’une flopée de préimpressions se sont transformées en articles publiés :

• Alba Grifoni, PhD, et ses collègues ont souligné dans Cell le 25 juin que l’identification des réponses des cellules T peut fournir des informations sur la pathogenèse et la montée de l’immunité, informer le développement de vaccins et affiner les mesures de santé publique.
• Daniel Altmann, PhD, et Rosemary Boyton, MD, ont écrit dans Science Immunology le 17 juillet sur la fonction, la durabilité et la protection des cellules T spécifiques du SRAS-CoV-2.
• Julian Braun, PhD, et ses co-auteurs ont identifié des cellules T CD4 spécifiques aux deux extrémités de la protéine de pointe virale chez les patients COVID et des cellules spécifiques à une extrémité de la pointe chez les donneurs sains séronégatifs, qui pourraient avoir conservé une certaine immunité suite à une exposition à des coronavirus antérieurs. Leur article est paru dans Nature le 29 juillet.
• L’unité de traitement COVID de l’UPenn a décrit trois « immunotypes ayant des implications thérapeutiques » dans Science le 4 septembre. L’équipe développe un test qui peut être « certifié pour une utilisation clinique, ainsi que tester si les immunotypes répondent différemment à des thérapies spécifiques », a expliqué la co-auteure Nuala Meyer, MD.

Essentiellement, cette littérature suggère que la réponse des cellules T induite naturellement commence tôt dans l’infection et fournit une immunité pendant au moins 6 mois.

Cela pourrait signifier que les tests de cellules T non seulement identifieront une réponse immunitaire robuste chez les personnes infectées, mais pourraient également être utiles pour suivre la réponse à long terme à un vaccin.

Le premier test clinique de cellules T pour COVID

Adaptive Biotechnologies développe T-Detect COVID et prévoit de déposer une demande d’autorisation européenne avant la fin de l’année. Une étude portant sur 2 900 personnes à Vo, près de Padoue, en Italie, publiée le 20 juin dans Nature, a inspiré le test. C’est là que le premier Italien est mort du COVID-19, le 21 février. Un confinement de deux semaines s’en est suivi.

Les citoyens ont été testés par PCR au début et à la fin du confinement. Soixante jours plus tard, des sérologies d’anticorps et des tests de cellules T ont été effectués sur 70 des 81 patients qui ont été testés positifs.

Les tests de cellules T ont identifié 68 des 70 (97%) des infections ; les sérologies d’anticorps en ont trouvé 54 (77%). Sur les 70 personnes, 24 ne présentaient aucun symptôme. En outre, le test des cellules T a identifié 45 des 2 220 citoyens qui avaient eu des tests PCR négatifs, dont environ la moitié avait signalé des symptômes ou un contact avec une personne dont le test était positif.

Le nouveau test sera initialement utilisé pour détecter une infection passée, a déclaré le médecin en chef d’Adaptive, Lance Baldo, MD, mais il pourrait également être un pronostic, car le degré de réponse des cellules T était corrélé aux symptômes et à la gravité, mais pas la réponse des anticorps.

L’apprentissage automatique a mis en contraste le degré de maladie – asymptomatique, symptomatique, hospitalisé – avec la diversité et le nombre de récepteurs des cellules T, ce que Baldo a appelé l’ampleur et la profondeur. « Cela donne un score. Plus le score est élevé, plus il est probable que vous ayez été très malade. Ainsi, un score de cellules T pourrait permettre de prédire si l’issue sera bonne ou mauvaise. » Ces résultats ont été publiés sous forme de préimpression dans medRxiv la semaine dernière.

Le déferlement sans précédent de résultats de recherche sur COVID-19 est en train de construire un arsenal de tests de diagnostic, de traitements et de vaccins. « Chacun de ces tests – sérologie pour les anticorps, tests de cellules T – a un rôle à jouer », a déclaré Baldo, « et comprendre comment les utiliser est important pour un clinicien praticien. »

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