Marokko sijoittui 105:nneksi vuoden 2012 Environmental Performance Indexissä, joka on Yalen yliopiston laatima 132 maata käsittävä sijoitus ympäristön kansanterveyden ja ekosysteemien elinvoimaisuuden perusteella. Näin se sijoittuu kansainvälisesti ja arabivaltioiden joukossa heikoimmin suoriutuneiden joukkoon: Samaan ryhmään kuuluvat Algeria, Libanon ja Tunisia, joilla kaikilla on paremmat tulokset, ja seuraavaksi ylempään ryhmään (”vaatimattomat suorittajat”) kuuluvat Egypti, Israel, Yhdistyneet arabiemiirikunnat ja Saudi-Arabia. Lyhyesti sanottuna Marokon tulos on heikko. Saastumisen kustannukset Marokossa ovat korkeat: YK:n kehitysohjelma UNDP ilmoitti vuonna 2011, että ympäristön pilaantuminen maksaa 3,7 prosenttia bruttokansantuotteesta, ja tällä on erityisen vakavia vaikutuksia herkimpien alueiden väestöön.

Puhtaan veden puute

Vaikka 100 prosentilla kaupunkiväestöstä ilmoitettiin olevan mahdollisuus saada parempaa juomavettä vuonna 2006, maaseutuväestön kohdalla luku oli vain 57 prosenttia, mikä on alhaisin Välimeren alueen arabi-maiden joukossa. Parempia saniteettipalveluja käyttävien osuus koko väestöstä oli niin ikään alhaisin kaikista Välimeren alueen arabimaista. Vesien pilaantuminen on huomattavaa. Biokemiallisella hapenkulutuksella mitattuna (määrä happea, jonka vedessä olevat bakteerit kuluttavat hajottaessaan jätteitä) orgaanisten veden epäpuhtauksien päästöt ovat suuret: 73 989 kiloa päivässä vuonna 2009, josta 43,5 prosenttia oli peräisin tekstiiliteollisuudesta ja seuraavaksi eniten elintarviketeollisuudesta. (Vertailun vuoksi mainittakoon, että Syyria tuotti 80 444 kg ja Jordania 29 147 kg). Vedestä on yleisesti ottaen pulaa, mutta jotkin alueet ovat alttiita tulville. Merja Ras Douaran aikoinaan suuri kausikosteikko, joka on hävinnyt lähes kokonaan (ks. Biologinen monimuotoisuus), joutui äkkitulvan kohteeksi marraskuussa 2002, ja 60 ihmistä menetti henkensä.

Ilmansaasteet

Ympäristöministeriö arvioi vuonna 2012, että ilmansaasteiden vaikutus oli 1,03 prosenttia BKT:sta. Marokko oli yksi viimeisistä maista, joka kielsi kokonaan lyijyä sisältävän bensiinin myynnin, vaikka prosessi saatiin päätökseen vuoteen 2008 mennessä. Vuonna 2009 hiilidioksidipäästöt olivat 1,5 tonnia asukasta kohti (vertailuna Libanon 5 tonnia asukasta kohti, Syyria 3,3 tonnia ja Algeria 3,5 tonnia).

Jätehuolto

Vuonna 2000 kaupunkialueilla kerätystä jätteestä vajaa 70 prosenttia oli orgaanista jätettä (verrattuna Ranskan 10 prosenttiin ja Egyptin 55 prosenttiin). (Luvut lähteestä State of the Environment and Development in the Mediterranean – 2000).

Käsitelläkseen näitä ja muita ongelmia hallitus hyväksyi vuonna 2009 ympäristöä ja kestävää kehitystä koskevan kansallisen peruskirjan (Charte nationale de l’environnement et du développement durable), jolla pyrittiin asettamaan ympäristönhoito etusijalle hahmottelemalla yleisiä periaatteita, jotka liittävät talouden kestävän kehityksen malliin. Siinä korostettiin voimakkaasti organisatorista yhteistyötä keskushallinnon viranomaisten, alue- ja maakuntahallintojen sekä kansalaisjärjestöjen välillä. Keskushallinnon vastuu ympäristöasioista kuuluu nyt ylimalkaisen ministeriön alaisuuteen (johon kuuluvat myös energia-, vesi- ja kaivostoiminta), jota johtaa tällä hetkellä Istiqlal-puolueen jäsen.

Ministeriö on ehdottanut sekä laajamittaisia että paikallisia ponnisteluja ympäristön pilaantumisen torjumiseksi. Vesiongelman osalta on käynnistetty kampanja patojen rakentamiseksi ja maanalaisten vesivarastojen kehittämiseksi, käytetyn veden puhdistamiseksi ja kierrättämiseksi, kastelun hallinnan parantamiseksi, kuivuutta kestävien viljelykasvien edistämiseksi ja vedenkäytön tiukemman valvonnan asettamiseksi. Veden puutteesta ja huonosta jätehuollosta johtuva maaseudun saastuminen on asetettu kahden laajan paikallisen ohjelman painopisteeksi, joilla pyritään parantamaan vesihuoltoa ja sanitaatiota erityisesti maaseudun kouluissa ja moskeijoissa. Saasteiden torjuntaan tähtääviin toimiin kuuluvat valtakunnalliset toimet muovipussien käytön torjumiseksi ja valtavan ja raskaasti saastuttavan jälkikasvun keräämiseksi (160 tonnia muovipusseja hävitettiin vuonna 2010) sekä rannikoiden saastumisen puhdistamiseksi – Mar Chican laguunin puhdistaminen Nadorin lähellä Välimeren rannikolla on merkittävä hanke – ja teollisuuden aiheuttaman saastumisen poistamiseksi erityisesti Casablancan alueella.

Luonnonkatastrofit

Kaikkea ympäristöön kohdistuvia uhkatekijöitä ei ole ihmisen aiheuttamia. Kaksi pysyvää ongelmaa ovat heinäsirkkataudit, jotka aiheuttavat suuria satovahinkoja, ja maanjäristykset.

Heinäsirkkataudit

Marokko on Tšadista peräisin olevien heinäsirkkojen kesäisen ulospäin suuntautuvan vaelluksen luoteisreunalla. Vuosina 1987-1989 ja 2004 esiintyi vakavia heinäsirkkapesäkkeitä, kun parvet tunkeutuivat Algeriasta tulleina Etelä-Marokkoon ja Länsi-Saharaan. Tällöin yksittäiset parvet kattoivat 5 000-30 000 hehtaaria. Pienemmät parvet ulottuivat Meknesiin asti. Vuosina 2003-2004 Marokon hallitus käytti noin 38,8 miljoonaa Yhdysvaltain dollaria heinäsirkan torjuntatoimenpiteisiin, jotka katettiin osittain Espanjan, Etelä-Korean, Saudi-Arabian, Alankomaiden, FAO:n ja USAID:n tuella. Marokon viranomaiset toimittivat torjunta-aineita Sahelin maihin estääkseen parvien leviämisen. Vuonna 2012, kun toinen rutto alkoi, he lahjoittivat 60 000 litraa torjunta-aineita käytettäväksi Malissa ja Nigerissä.

Maajäristykset

Marokko sijaitsee tektonisesti monimutkaisella vyöhykkeellä, jossa esiintyy usein keskivahvoja tai voimakkaita maanjäristyksiä. Ne liittyvät Gibraltarin salmen kautta kulkevaan Afrikan ja Euroopan väliseen konvergenssiin. Maalla kolmessa tärkeimmässä vuoristoketjussa – Rifissä, Keski-Atlaksessa ja Ylä-Atlaksessa – on maanjäristyksiä, jotka ovat aiheuttaneet Marokon maanjäristysten pitkän historian. Seismological Research Letters -lehdessä (2007) julkaistussa artikkelissa luetellaan maanjäristyksiä vuodesta 1045 lähtien. Agadirin maanjäristys (magnitudi 5,7) 29. helmikuuta 1960, jonka kuolonuhrien määrä oli 12 000, oli pahin Marokossa koskaan mitattu maanjäristys. Ainakin 35 000 ihmistä jäi kodittomaksi.

Viimeisin vakava maanjäristys oli helmikuussa 2004, ja sen epikeskus oli Gibraltarin salmessa ja magnitudi 6,4. Vakavimmin vaurioitunut alue oli al-Hoceiman maakunta. Al-Hoceiman kaupungissa asuu 100 000 ihmistä, mutta pahimmat vahingot olivat ympäröivissä kylissä, joissa savitiilirakennukset eivät kestäneet suurta järistystä. Hallituksen arvion mukaan maanjäristyksessä kuoli ainakin 572 ihmistä, 427 loukkaantui ja 13 000 jäi kodittomaksi.