A pesar de la falta de precipitaciones, la vegetación natural de Egipto es variada. Gran parte del desierto occidental está totalmente desprovisto de cualquier tipo de vida vegetal, pero donde existe alguna forma de agua se encuentra el crecimiento habitual del desierto de plantas perennes y hierbas; la franja costera tiene una rica vida vegetal en primavera. El desierto oriental recibe escasas precipitaciones, pero sustenta una variada vegetación que incluye tamariscos, acacias y markh (un árbol sin hojas ni espinas con ramas desnudas y ramitas delgadas), así como una gran variedad de arbustos espinosos, pequeñas suculentas y hierbas aromáticas. Este crecimiento es aún más llamativo en los wadis de las colinas del Mar Rojo y del Sinaí y en las montañas de ʿIlbah (Elba) en el sureste.

El Nilo y los canales y zanjas de riego albergan muchas variedades de plantas acuáticas; el loto de la antigüedad se encuentra en los canales de drenaje del delta. Hay más de 100 tipos de hierbas, entre ellas el bambú y el esparto (ḥalfāʾ), una hierba gruesa y larga que crece cerca del agua. Los robustos juncos perennes, como el junco español y el junco común, están ampliamente distribuidos en el Bajo Egipto, pero el papiro, cultivado en la antigüedad, sólo se encuentra ahora en los jardines botánicos.

La palmera datilera, tanto cultivada como subespontánea, se encuentra en todo el delta, en el valle del Nilo y en los oasis. La palmera doum (Hyphaene thebaica; una palmera africana en forma de abanico) se identifica especialmente con el Alto Egipto (la parte sur del valle del Nilo) y los oasis, aunque hay ejemplares dispersos en otros lugares.

Hay muy pocos árboles autóctonos. El enebro fenicio es la única conífera autóctona, aunque existen varias especies de coníferas cultivadas. La acacia está ampliamente distribuida, al igual que el eucalipto y el sicómoro. Varias especies del género Casuarina (orden de la madera de vacuno), importadas en el siglo XIX, son ahora los árboles madereros más importantes del país. Otras importaciones extranjeras, como la jacaranda, la poinciana real (un árbol con flores anaranjadas o escarlatas) y el lebbek (Albizia lebbek; un árbol leguminoso), se han convertido en un rasgo característico del paisaje egipcio.

Entre los animales domésticos se encuentran los búfalos, los camellos, los burros, las ovejas y las cabras, estos últimos especialmente notables en el campo egipcio. Los animales que figuran de forma tan destacada en los antiguos frisos egipcios -hipopótamos, jirafas y avestruces- ya no existen en Egipto; los cocodrilos sólo se encuentran al sur de la Alta Presa de Aswān. El animal salvaje de mayor tamaño es la aoudad (un tipo de oveja barbuda), que sobrevive en los rincones meridionales del desierto occidental. Otros animales del desierto son la gacela Dorcas, el fennec (un pequeño zorro que vive en el desierto), el íbice de Nubia, la liebre egipcia y dos tipos de jerboa (un roedor parecido a un ratón con largas patas traseras para saltar). El chacal egipcio (Canis lupaster) sigue existiendo, y el huracán se encuentra en las montañas del Sinaí. Hay dos mamíferos carnívoros: el gato de Caffre, un pequeño felino depredador, y el icneumón, o mangosta egipcia. Hay varias variedades de lagartos, incluido el gran monitor. Las serpientes venenosas incluyen más de una especie de víbora; la serpiente moteada se encuentra en todo el valle del Nilo y la cobra egipcia (Naje haje) en las zonas agrícolas. Los escorpiones son comunes en las regiones desérticas. Hay numerosas especies de roedores. Hay muchas variedades de insectos, incluida la langosta.

Egipto es rico en aves. Muchas aves pasan en gran número en sus migraciones de primavera y otoño; en total, se pueden ver más de 200 tipos migratorios, así como más de 150 aves residentes. El cuervo encapuchado es un residente familiar, y el milano negro es característico a lo largo del valle del Nilo y en Al-Fayyūm. Entre las aves de presa están el halcón lancero y el cernícalo. Los quebrantahuesos y las águilas reales viven en el desierto oriental y en la península del Sinaí. El ibis sagrado (un ave zancuda de pico largo asociada al antiguo Egipto) ya no se encuentra, pero la garceta blanca y la garcilla bueyera aparecen en el valle del Nilo y en Al-Fayyūm, al igual que la abubilla (un ave con una cresta eréctil en forma de abanico). Las aves residentes en el desierto constituyen una categoría distinta, con unas 24 clases.

El Nilo contiene unas 190 variedades de peces, siendo los más comunes el bulṭī (Tilapia nilotica; un pez de escamas gruesas y aletas espinosas) y la perca del Nilo. Los lagos de la costa del delta contienen principalmente būrī (salmonete). El lago Qārūn, en la gobernación de Al-Fayyūm (muḥāfaẓah), ha sido repoblado con būrī y el lago Nasser con bulṭī, que crece mucho en sus aguas.