Uganda ha sufrido conflictos intermitentes desde su independencia en 1962. En 1967, el primer Primer Ministro, el Dr. Milton Obote, derrocó al primer Presidente del país, Sir Edward Mutesa II, y declaró a Uganda república. Le siguieron múltiples golpes militares y regímenes violentos -incluido el de Idi Amin (1971-1979)- y desde entonces han provocado cientos de miles de muertes y el prolongado sufrimiento de los ugandeses. 55 años después de la independencia, el país aún no ha sido testigo de un traspaso de poder democrático de un líder a otro.
El golpe más reciente, en 1986, llevó al poder al actual presidente Yoweri Museveni. Su gobierno se ha enfrentado a la oposición armada de diferentes grupos en todo el país. Mediante un sistema híbrido de dictadura y manipulación, Museveni ha mantenido el control del país durante los últimos 31 años.
Desde la década de 1990, Uganda se ha visto envuelta en varias guerras civiles, siendo la más prolongada la guerra de 20 años contra el Ejército de Resistencia del Señor (LRA) de Joseph Kony, cuyo objetivo era establecer un estado basado en los Diez Mandamientos. El LRA se hizo tristemente célebre por su secuestro de 60.000 niños para servir como niños soldados y esclavos sexuales.
Un periodo de estabilidad siguió a las conversaciones de paz de Juba entre 2006 y 2008, pero la violencia no tardó en reanudarse tras el fracaso de una ofensiva militar para acabar con el LRA en sus escondites de Garamba, lo que condujo a sus actuales incursiones en la República Centroafricana y partes de la República Democrática del Congo.
En 2005, los cinco principales líderes del LRA fueron acusados de crímenes de guerra y contra la humanidad. En 2017, solo un comandante menor, Dominic Ongwen, se enfrenta a un juicio en la Corte Penal Internacional. Sin embargo, Kony sigue en libertad. La Fuerza de Tarea Regional de la Unión Africana, respaldada por Estados Unidos, ha hecho retroceder al grupo, anunciando la finalización de su misión en mayo de 2017. Sin embargo, algunos analistas afirman que las escisiones activas en la República Centroafricana apuntan a un posible resurgimiento.
A pesar de sus anteriores compromisos con la democracia y los derechos humanos, Museveni también abolió el límite de su mandato. Sus múltiples reelecciones se han visto empañadas por acusaciones de fraude electoral y violencia. En 2016, su oponente, el Dr. Kizza Besigye, y sus partidarios fueron acosados violentamente por las fuerzas de seguridad, que actuaron con aparente impunidad. A partir de septiembre de 2017, Museveni se embarcó en una contundente iniciativa en el Parlamento para modificar el artículo 102 (b) de la Constitución con el fin de eliminar los límites de mandato en la presidencia de Uganda y allanar el camino para servir de por vida.
Un millón de refugiados sudaneses también han huido a Uganda de la guerra civil, lo que supone una mayor presión sobre el Estado y la sociedad ugandeses.