Trots bristen på nederbörd är den naturliga vegetationen i Egypten varierad. En stor del av den västra öknen saknar helt växtliv, men där det finns någon form av vatten finns den vanliga ökenväxten av perenner och gräs; kustremsan har ett rikt växtliv på våren. Den östra öknen får sparsamt med nederbörd, men här finns en varierad vegetation med tamarisk, akacia och markh (ett löv- och taggfritt träd med kala grenar och slanka kvistar) samt en stor variation av taggiga buskar, små suckulenter och aromatiska örter. Denna växtlighet är ännu mer slående i wadis i Röda havets kullar och i Sinai samt i ʿIlbah-bergen (Elba) i sydost.

Nilen och bevattningskanaler och diken ger stöd åt många olika sorters vattenväxter; antikens lotus finns i dräneringskanaler i deltat. Det finns mer än 100 sorters gräs, bland annat bambu och esparto (ḥalfāʾ), ett grovt, långt gräs som växer nära vatten. Robusta fleråriga vassväxter som spansk vass och vanlig vass är vitt spridda i Nedre Egypten, men papyrus, som odlades under antiken, finns numera endast i botaniska trädgårdar.

Datumpalmen, både odlad och subspontan, finns i hela deltat, i Nildalen och i oaserna. Doumpalmen (Hyphaene thebaica; en afrikansk fläktpalm) identifieras särskilt med Övre Egypten (den södra delen av Nildalen) och oaserna, även om det finns spridda exemplar på andra ställen.

Det finns mycket få inhemska träd. Den feniciska enbären är det enda inhemska barrträdet, även om det finns flera odlade barrträdsarter. Akacia är vitt utbredd, liksom eukalyptus och sykomor. Flera arter av släktet Casuarina (nötboskap), som importerades på 1800-talet, är nu landets viktigaste timmerträd. Andra utländska importerade arter, såsom jacaranda, royal poinciana (ett träd med orange eller scharlakansröda blommor) och lebbek (Albizia lebbek; ett baljväxtträd), har blivit ett karakteristiskt inslag i det egyptiska landskapet.

Domesticerade djur är bland annat bufflar, kameler, åsnor, får och getter, varav de sistnämnda är särskilt påtagliga på den egyptiska landsbygden. De djur som figurerar så tydligt på de gamla egyptiska friserna – hippopotamer, giraffer och strutsar – finns inte längre i Egypten; krokodiler finns endast söder om Aswān High Dam. Det största vilda djuret är aoudad (en typ av skäggfår), som överlever i den västra öknens södra fastland. Andra ökendjur är dorcasgasellen, fennec (en liten räv som lever i öknen), den nubiska stenbocken, den egyptiska haren och två typer av jerboa (en musliknande gnagare med långa bakben för att kunna hoppa). Den egyptiska schakalen (Canis lupaster) finns fortfarande kvar, och hyrax finns i Sinaibergen. Det finns två köttätande däggdjur: Caffre-katten, ett litet rovdjurskattdjur, och ichneumon, eller egyptisk mungo. Det finns flera olika sorters ödlor, bland annat den stora varanen. Bland de giftiga ormarna finns mer än en art av huggorm; den prickiga ormen finns i hela Nildalen och den egyptiska kobran (Naje haje) i jordbruksområden. Skorpioner är vanliga i ökenområden. Det finns många arter av gnagare. Många olika sorters insekter finns, bland annat gräshoppan.

Egypten är rikt på fåglar. Många fåglar passerar igenom i stort antal på sina vår- och höstflyttningar; sammanlagt finns det mer än 200 flyttande arter att se, liksom mer än 150 bofasta fåglar. Den huvade kråkan är en välkänd invånare, och den svarta draken är karakteristisk längs Nildalen och i Al-Fayyūm. Bland rovfåglarna finns lannerfalken och tornfalken. Lammergeier och kungsörn lever i den östra öknen och på Sinaihalvön. Den heliga ibisen (en långnäbbad vadarfågel som förknippas med det gamla Egypten) finns inte längre, men den stora vita hägern och boskapshägern förekommer i Nildalen och Al-Fayyūm, liksom hoppet (en fågel med ett uppresande fläktliknande krön). Ökenfåglar är en särskild kategori med cirka 24 arter.

Nilen innehåller cirka 190 fiskarter, varav de vanligaste är bulṭī (Tilapia nilotica; en grovskalig, taggig fisk) och nilabborre. I sjöarna vid deltakusten finns främst būrī (gråmulet). Sjön Qārūn i guvernementet Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) har fyllts med būrī och sjön Nasser med bulṭī, som blir mycket stor i dess vatten.