Uganda har drabbats av periodiska konflikter sedan självständigheten 1962. År 1967 störtade den första premiärministern, dr Milton Obote, landets första president, Sir Edward Mutesa II, och förklarade Uganda för republik. Flera militärkupper och våldsamma regimer följde – bland annat Idi Amin (1971-1979) – och har sedan dess resulterat i hundratusentals dödsfall och långvarigt lidande för ugandierna. 55 år efter självständigheten har landet ännu inte bevittnat ett demokratiskt maktöverlämnande från en ledare till en annan.
Den senaste kuppen, 1986, förde den nuvarande presidenten Yoweri Museveni till makten. Hans regering har mött väpnat motstånd från olika grupper i hela landet. Genom en blandning av diktatur och manipulation har Museveni hållit ett fast grepp om landets maktmantel under de senaste 31 åren och framåt.
Sedan 1990-talet har Uganda varit inblandat i ett antal inbördeskrig, varav det mest utdragna var ett 20-årigt krig mot Joseph Konys Herrens motståndsarmé (LRA), vars mål var att upprätta en stat baserad på de tio budorden. LRA blev ökänd för sina kidnappningar av 60 000 barn för att tjäna som barnsoldater och sexslavar.
En period av stabilitet följde fredsförhandlingarna i Juba 2006-2008, men våldet återupptogs snart efter en misslyckad militär offensiv för att utplåna LRA i deras gömställen i Garamba, vilket ledde till dess nuvarande inbrytningar i Centralafrikanska republiken och delar av Demokratiska republiken Kongo. 2005 åtalades de fem främsta ledarna för LRA för krigsbrott och brott mot mänskligheten. År 2017 står endast en junior befälhavare, Dominic Ongwen, inför rätta vid Internationella brottmålsdomstolen. Kony är dock fortfarande på fri fot. Den USA-stödda regionala insatsstyrkan från Afrikanska unionen har pressat tillbaka gruppen och meddelade att uppdraget avslutades i maj 2017. Vissa analytiker hävdar dock att aktiva splittringar i Centralafrikanska republiken pekar på en potentiell återuppståndelse.
Trots tidigare åtaganden om demokrati och mänskliga rättigheter avskaffade Museveni också sin tidsbegränsning. Hans flera omval har kantats av anklagelser om valfusk och våld. År 2016 trakasserades hans motståndare, dr Kizza Besigye, och hans anhängare våldsamt av säkerhetsstyrkor som agerade till synes ostraffat. I september 2017 inledde Museveni ett kraftfullt arbete i parlamentet för att ändra artikel 102 b i konstitutionen för att avskaffa tidsgränserna för det ugandiska presidentämbetet och bana väg för att sitta på livstid.
En miljon sudanesiska flyktingar har också flytt till Uganda från inbördeskriget, vilket sätter ytterligare press på den ugandiska staten och samhället.