Svampmyggor i familjen Sciaridae kan vara skadedjur. De är vanligtvis ofarliga för friska växter – och människor – men kan orsaka omfattande skador på plantor; deras närvaro kan tyda på allvarligare problem. I krukväxter kan förekomsten av sciarider tyda på övervattning; de kan livnära sig på rötter som legat för länge i vatten och därför ruttnar, eller så kan gnagarna attraheras av svamp som växer i mättad matjord. Om man låter jorden torka kan man därför minska antalet gnagare. Skadegörarna bekämpas ibland också genom att lägga ett lager sand eller inomhusmull ovanpå jorden runt växterna, genom att införa Hypoaspis miles-milkvalster eller genom att applicera det biologiska larvmedlet Bacillus thuringiensis (var. israelensis) för att döda larverna av gnagare, eller genom att årligen dränka jorden i en insektsbekämpande tvål. Väteperoxid kan blandas med vatten och användas för att döda larver av svampmyggor i infekterad jord med en blandning av en del 3 % väteperoxid som blandas med fyra delar vatten och sedan appliceras på jorden. Vuxna gnagare kan fångas med klisterfällor gjorda av gult kartongmaterial eller tjockt papper belagt med lim eftersom de vuxna gnagarna attraheras av färgen gul.

Då gnagarna är svaga flygare kan fläktbaserade fällor samt andra flugdödande anordningar användas för att hjälpa till att kontrollera fritt flygande gnagare, särskilt inomhus. Det finns ett antal giftiga och icke-toxiska metoder för att bekämpa svampmyggor och deras larver, bland annat nematoder, kiselgur eller kanelpulver.

I kommersiella växthus används vanligen insektstillväxtregulatorn diflubenzuron för bekämpning av svampmyggor och deras larver. Det appliceras på infekterad jord och dödar larver av svampmyggor i 30-60 dagar efter en enda applicering. Dess verkningsmekanism är att den stör produktion och deponering av kitin och den utlöser också att insektslarverna förfaller tidigt utan att ha ett korrekt bildat exoskelett, vilket leder till att larverna dör. Även om det är inriktat på larver av svampmyggor bör man vara försiktig när man applicerar det eftersom det är mycket giftigt för ryggradslösa vattenlevande djur. Diflubenzuron har vanligtvis ingen toxisk effekt på vuxna individer, utan det är endast larverna som påverkas.