South Carolina Military Academy var en föregångare till The Citadel med två campus. Den inrättades 1842 av South Carolinas lagstiftande församling.

South Carolina hade byggt en rad arsenaler runt om i delstaten efter Denmark Veseys planerade slavuppror 1822; dessa slogs samman till arsenalerna i Columbia och Charleston. Eftersom de inte längre ansågs vara militärt nödvändiga blev de 1842 South Carolina Military Academy, bestående av Arsenal Academy i Columbia och Citadel Academy i Charleston. Under inbördeskriget tjänstgjorde studenter från båda som bataljon av statskadetter; undervisningen fortsatte, med avbrott. SCMA-kadetter avlossade inbördeskrigets första skott den 9 januari 1861 när de bemannade en kanonställning på Morris Island i South Carolina som besköt unionens ångfartyg Star of the West. Statskadettbataljonen utgjorde mer än en tredjedel av den konfedererade styrka som försvarade en strategisk järnvägsbro i slaget vid Tulifinny 1864, det enda tillfället då hela studentkåren vid ett amerikanskt universitet deltog i strid.

Arsenal Academy brändes av unionstrupper 1865 och öppnades aldrig på nytt; den enda överlevande byggnaden blev South Carolina Governor’s Mansion. Citadel Academy och South Carolina Military Academy stängdes 1865; dess byggnader var i federala händer fram till 1882. Genom en lag från South Carolinas lagstiftande församling från 1882 återöppnades South Carolina Military Academy, men endast med användning av campuset i Charleston. Skolan var allmänt känd som The Citadel Academy och döptes 1910 om till The Citadel, efter att namnet ”Academy” blev vanligt för gymnasieskolor snarare än för högskolor.