Skallarna hos de olika underklasserna och ordnarna varierar på de sätt som nämns nedan. Förutom skillnader i öppningar på sidan av skallen och i allmän form och storlek är de mest betydande variationerna i reptilernas skallar de som påverkar rörelserna inom skallen.

Som grupp skiljer sig reptilskallarna från de tidiga amfibiernas. Reptiler saknar en otic notch (en fördjupning på baksidan av skallen) och flera små ben på baksidan av skalltaket. Skallarna hos moderna reptiler är också skarpt avgränsade från däggdjurens på många sätt, men de tydligaste skillnaderna finns i underkäken och angränsande områden. Reptilerna har ett antal ben i underkäken, varav endast ett, tandbenet, bär tänder. Bakom tandbenet bildar ett litet ben, ledbenet, en led med fyrkantsbenet nära baksidan av skallen. Däggdjurens underkäke består däremot av ett enda ben, dentary, och articular och quadrate har blivit en del av kedjan av små ben i mellanörat. En nästan fullständig övergång mellan dessa två mycket olika arrangemang är känd från fossil från tidiga synapsider (ordningen Therapsida).

Tandvården hos de flesta reptiler uppvisar liten specialisering i en viss tandrad. En tandställning som delar upp grupper av tänder i distinkta blåsliknande incisiver, tuskliknande hörntänder och plattkroniga kindtänder förekommer hos däggdjur men förekommer inte hos reptiler. I stället består hela tandraden vanligen av långa koniska tänder. Giftiga ormar har en eller flera ihåliga eller räfflade huggtänder, men de har samma form som de flesta ormtänder. De främsta skillnaderna mellan arterna ligger i tändernas antal, längd och placering. Krokodiler bland de levande formerna och dinosaurier bland de utdöda formerna har endast en enda övre och en enda nedre tandrad. Ormar och många utdöda reptilgrupper har tänder på gombenen (vomer, palatin, pterygoid) och på benen i överkäken (premaxilla, maxilla). Endast en tandrad finns dock på underkäken.

Häxor har koniska eller blåsliknande bikuspida eller trikuspida tänder. Vissa arter har koniska tänder framtill på käkarna och cuspidala tänder baktill, men de senare är inte jämförbara med däggdjurens kindtänder i vare sig form eller funktion. (De är varken plattkroniga eller används för att mala föda.) Sköldpaddor, med undantag för de tidigast utdöda arterna, saknar tänder. Istället har de övre och nedre horniga plattor som tjänar till att bita av bitar av föda.

Reptilernas tänder är också mindre specialiserade i funktion än däggdjurens tänder. De större köttätande reptilerna är endast utrustade för att slita av eller bita av stora bitar av sitt byte och svälja dem utan att tugga. Insektsätande ödlor, som utgör majoriteten av alla ödlor, knäcker vanligtvis exoskelettet på sina insektsbyten och sväljer sedan bytet utan att mala det. Ormar sväljer helt enkelt sitt byte helt utan någon mekanisk reducering, även om stickskadorna tillåter matsmältningsenzymer att komma in i bytet för att underlätta matsmältningen.

Många reptiler har utvecklat leder (utöver gångjärnet för underkäken) i skallen som tillåter en liten rörelse av en del i förhållande till andra. Förmågan till sådana rörelser i skallen, som kallas kinesis, gör det möjligt för ett djur att öka gapet i munnen och är därmed en anpassning för att svälja stora föremål. Några av de stora köttätande theropoddinosaurierna (t.ex. Allosaurus) hade tydligen en led mellan frontal- och parietalbenen i kranietaket. Alla reptiler i superordningen Lepidosauria (ödlor, ormar och tuatara) har kinetiska skallar, men de skiljer sig från dinosaurierna på så sätt att leden på skallbotten sker vid sammanfogningen av basisknölen och pterygoidbenet hos lepidosaurierna.

Lepidosauriernas skallar blev alltmer kinetiska i takt med att nya grupper utvecklades. Sphenodontia (som inkluderar levande tuatara ) och deras föregångare, Rhynchocephalia, hade endast basisphenoidal-pterygoidaleden. Ödlorna förlorade den nedre temporala baren, vilket frigjorde quadrate-benet och möjliggjorde större rörelse för underkäken, som är ledad till quadrate-benet. Hos ormarna slutligen kulminerar denna trend i den mest rörliga skallen bland ryggradsdjuren. Ormarnas skallar har den ursprungliga basen fenoidal-pterygoidal led, en mycket rörlig quadrate (som ger ännu större rörlighet åt underkäken) och överkäkar som kan rotera på sina längsgående axlar och röra sig både framåt och bakåt. Många ormarter har också ett gångjärn på kranietaket mellan näs- och frontalbenen som gör att nosen kan höjas något. Kort sagt, den enda del av en orms skalle som inte kan röra sig är hjärnhuset.