Efter den kubanska revolutionen 1959 begränsade Kuba religionsutövningen, vilket ledde till att många katoliker förföljdes på universitet och arbetsplatser. I konstitutionen erkänner regeringen medborgarnas rätt att bekänna sig till och utöva vilken religiös tro som helst inom ramen för respekten för lagen, men i praktiken inför regeringen begränsningar av religionsfriheten.

Studier har enligt uppgift försökt koppla afrokubanska religioner till psykisk ohälsa.Kampanjen för att utrota rasdiskriminering på Kuba användes (och används fortfarande) som ett skäl för att förbjuda skapandet av afrokubanska institutioner, eftersom detta stämplades som rasistiskt splittrande.

Sjuttiotalet var turbulent och många troende beslöt sig för att dölja sin tro som svar på den statliga förföljelsen. Många föräldrar ville inte belasta sina barn med de svårigheter som de skulle ärva om de döptes till kristna och tog därför inte upp det som sådant. År 1971 rapporterade ärkestiftet Havanna endast 7 000 dop. 1989 ökade denna siffra till 27 609 och 1991 till 33 569.

År 1985 publicerade statsrådet i Havanna en bästsäljande bok med titeln Fidel and Religion, som var en förkortad utskrift av 23 timmars intervjuer mellan Fidel Castro och en brasiliansk befrielseteolog vid namn Frei Betto, som utanför publikationen tillskrev sig ansvaret för att utesluta icke-ateister från medlemskap i kommunistpartiet med motiveringen att:

Vad vi krävde var full anslutning till marxismen-leninismen… Den som gick med i partiet skulle acceptera partiets politik och doktrin i alla avseenden.

Under de följande åren och efter Sovjetunionens kollaps intog staten en mer försonlig hållning gentemot religionen och minskade sitt främjande av ateism. I november 1991 började kommunistpartiet släppa in troende i sina led. I juli 1992 ändrades konstitutionen för att ta bort definitionen av Kuba som en stat baserad på marxism-leninism, och artikel 42 lades till, som förbjuder diskriminering på grund av religiös övertygelse.

I början av 1990-talet, efter tre decennier av statlig ateism, hade det kubanska samhället emellertid blivit nästan helt sekulariserat. Det veckovisa kyrkobesöket på ön med 11 miljoner invånare uppskattades till cirka 250 000 eller cirka 2 % av befolkningen (med en jämn fördelning mellan katoliker och protestanter).Kuba hade färre präster per capita än något annat latinamerikanskt land.

Sedan 1998 har restriktionerna lättats och de statliga institutionernas utmaningar av rätten till trosbekännelse har också lättats, även om kyrkan fortfarande har restriktioner för skriftlig och elektronisk kommunikation och endast kan ta emot donationer från statligt godkända finansieringskällor. Den katolska kyrkan består av Kubas katolska biskopskonferens (COCC), som leds av Jaime Lucas Ortega y Alamino, kardinal ärkebiskop i Havanna. Den har elva stift, 56 nunnor och 24 präster.

Den kubanska biskopskonferensen har varit mycket kritisk till USA:s embargo mot Kuba och har hävdat att hela befolkningen har lidit av det. Förenta staternas katolska biskopskonferens har påverkats av detta och har hävdat att livsmedel och mediciner bör undantas från embargot.

I januari 1998 gjorde påven Johannes Paulus II ett historiskt besök på ön på inbjudan av den kubanska regeringen och den katolska kyrkan. Han kritiserade USA:s blockad under sitt besök.

Den 20 oktober 2008 invigdes den första ortodoxa kyrkan på Kuba under en officiell ceremoni där Raúl Castro deltog.