Immunförsvarets T-cellsgren kan reagera på en praktiskt taget oändlig mängd olika exogena antigener, vilket innebär att det finns möjlighet till självantigenigenkänning och farliga autoimmuna reaktioner. Därför verkar regleringsmekanismer både under ontogenin i thymus och efter födseln i periferin. Kontrollen av självreaktiva T-celler sker genom en process av negativt urval som resulterar i apoptos av T-celler som visar hög affinitet för självpeptider som uttrycks på thymusnivå med hjälp av promiskuöst genuttryck. Självreaktiva T-celler som undviker negativt urval kontrolleras i periferin av andra regleringsmekanismer, varav den viktigaste är naturliga Foxp3+ T-regulatoriska T-celler (Treg-celler). Reglering krävs också för att kontrollera överdrivna effektor-T-cellsvar mot exogena antigener, när de blir farliga för kroppen. Tre typer av effektor-T-celler har identifierats: T-hjälpare 1-celler (Th1), som skyddar mot intracellulära bakterier, Th2-celler, som spelar en viss roll i skyddet mot nematoder, men som är ansvariga för allergiska reaktioner, och Th17-celler, som troligen är effektiva i skyddet mot extracellulära bakterier, men som också spelar en roll i förstärkningen av autoimmuna sjukdomar. Onormala eller överdrivna Th-effektorsvar regleras av olika mekanismer. Omdirigering eller immundeviation av Th1- eller Th2-dominerade svar tillhandahålls av cytokiner som produceras av samma celltyper och av de CXCR3-bindande kemokinerna CXCL4 och CXCL10. Dessutom kan både Th1- och Th2-svar undertryckas av adaptiva Treg-celler genom kontaktberoende mekanismer och/eller produktion av IL-10 och transformerande tillväxtfaktor-beta (TGF-beta). Slutligen kan TGF-beta1 främja utvecklingen av både Th17-effektor- och adaptiva Treg-celler, medan den samtidiga produktionen av IL-6 bidrar till utvecklingen av Th17-celler, men hämmar Treg-celler. Utvecklingen av Th17-celler nedregleras också av IL-4 som produceras av Th2-celler och av IFN-gamma som produceras av Th1-celler.