Diagnostiserad kan klamydia lätt behandlas och botas enligt beskrivningen ovan. Klamydia är ett allvarligt hälsohot, särskilt för kvinnor. Obehandlad kan klamydia orsaka allvarliga och kostsamma reproduktionsproblem och andra hälsoproblem som omfattar både kort- och långsiktiga konsekvenser, inklusive bäckeninflammation (PID), som är den kritiska länken till infertilitet, och potentiellt dödliga rörgraviditeter. PID kan ge ärr och blockera äggledarna. Det kan göra en kvinna steril och oförmögen att bli gravid. Befruktade ägg kan inte nå livmodern eftersom rören är blockerade. Om de utvecklas i rören kallas detta för en ektopisk graviditet eller rörgraviditet. En kvinna kan dö om en graviditet utvecklas utanför livmodern. Hon behöver vanligtvis en akut operation. Kvinnor med PID i äggledarna löper 7-10 gånger större risk än andra kvinnor att få en utomkvedshavandeskap.

Chlamydia kan också göra män sterila. Den kan sprida sig från urinröret till testiklarna. Då kan det leda till ett tillstånd som kallas epididymit. Epididymit kan orsaka sterilitet. Symtomen inkluderar feber samt svullnad och en varierande grad av smärta i pungen.

Chlamydia kan också resultera i negativa resultat av graviditeten, inklusive neonatal konjunktivit (nyfödda ögoninfektioner) och lunginflammation. Dessutom har ny forskning visat att kvinnor som är infekterade med klamydia har en 3 – 5 gånger ökad risk att få hiv om de utsätts.