Med vår definition av begreppet alger anses de flesta alggrupper vara fotoautotrofa, det vill säga att de helt och hållet är beroende av sin fotosyntetiska apparat för att tillgodose sina metaboliska behov, och att de använder solljuset som energikälla och koldioxid som kolkälla för att producera kolhydrater ochATP. De flesta algdivisioner innehåller färglösa heterotropa arter som kan få organiskt kol från den yttre miljön antingen genom att ta upp lösta ämnen (osmotrofi) eller genom att uppsluka bakterier och andra celler som partikulärt byte (fagotrofi). Det finns också alger som inte kan syntetisera viktiga komponenter som vitaminer i B12-komplexet eller fettsyror och som måste importera dem; dessa alger definieras som auxotrofa.
Det är dock allmänt accepterat att alger använder ett komplext spektrum av näringsstrategier som kombinerar fotoautotrofi och heterotrofi, vilket kallas mixotrofi. Det relativa bidraget från autotrofi och heterotrofi till tillväxten inom en mixotrof art varierar längs gradienten från alger vars dominerande näringssätt är fototrofi, via de alger för vilka fototrofi eller heterotrofi ger viktiga näringstillskott, till de alger för vilka heterotrofi är den dominerande strategin. Vissa mixotrofa alger är huvudsakligen fotosyntetiska och använder endast ibland en organisk energikälla. Andra mixotrofer tillgodoser större delen av sitt näringsbehov genom fagotrofi, men kan använda en del av fotosyntesprodukterna från kloroplaster som är avskiljda från bytesdjuret. Fotosyntetisk fixering av kol och användning av partikulärt foder som en källa till viktiga näringsämnen (kväve, fosfor och järn) och tillväxtfaktorer (t.ex. vitaminer, essentiella aminosyror och essentiella fettsyror) kan öka tillväxten, särskilt i extrema miljöer där resurserna är begränsade. Heterotrofi är viktigt för förvärv av kol när ljuset är begränsande och, omvänt, autotrofi upprätthåller en cell under perioder när det är ont om partikulär föda.
På grundval av deras näringsstrategier klassificeras alger i fyra grupper:

• Obligat heterotrofa alger. De är i första hand heterotrofa, men kan klara sig själva genom fototrofi när koncentrationen av bytesdjur begränsar den heterotrofa tillväxten (t.ex. Gymnodium gracilentum, Dinophyta).
• Obligatoriskt fototrofa alger. Deras primära näringssätt är fototrofi, men de kan komplettera tillväxten genom fagotrofi och/eller osmotrofi när ljuset är begränsande (t.ex. Dinobryon divergens, Heterokontophyta).
• Facultativt mixotrofa alger. De kan växa lika bra som fototrofa och asheterotrofa (t.ex. Fragilidium subglobosum, Dinophyta).
• Obligat mixotrofa alger. Deras primära näringssätt är fototrofi, men phagotrofi och/eller osmotrofi tillhandahåller ämnen som är viktiga för tillväxten (fotoauxotrofa alger kan inkluderas i denna grupp) (t.ex. Euglena gracilis, Euglenophyta).