Klinisk information
Kromosomal mikroarray (array comparative genomic hybridization, aCGH) analys är användbar för att upptäcka kliniskt signifikanta copynumber abnormiteter hos patienter med fenotypiska egenskaper som tyder på medfödd kromosomomrearrangemang. Microarraytestning möjliggör en undersökning av hela genomet med mycket hög upplösning och rekommenderas för närvarande av American College of MedicalGenetics som ett första test för vissa patienter.
Den del av mikroarrayen som består av SNP (single nucleotide polymorphism) gör det möjligt att upptäcka regioner med avsaknad avheterozygositet (AOH). Långa sammanhängande sträckor som visar AOH indikerar fynd av potentiell klinisk betydelse i samband med två klasser av sjukdomar:
- De som involverar präglade genomiska regioner (till följd av uniparental disomi eller UPD) och
- Recessiva störningar (till följd av UPD eller identitetsbyte genom nedstigning).
SNP-mikroarrayet kan ge resultat som är förenliga med samsjuklighet (dvs. föräldrarna är nära besläktade). Rådgivning före testet bör ta upp denna fråga. Den nuvarande plattformen är CytoScanHD-lösningen (tillverkad av Affymetrix). CytoScan HD bygger på oberoende analys av två typer av molekylära markörer: 1,7 miljoner oligonukleotidprober och750 000 SNP-prober. Oligonukleosonderna täcker alla regioner som är kända för att vara involverade i cytogenetiska avvikelser, inklusive över 255 erkända genetiska syndrom, över 980 genregioner med funktionell betydelse för människans utveckling, de pericentromeriska regionerna och subtelomererna.
SNP-sonderna har ett genomsnittligt avstånd på ~49 kb. Detta avstånd gör det möjligt att upptäcka AOH med en effektiv upplösning på cirka 5-10 Mb över hela genomet.
Fluorescens in situ-hybridiseringsanalys (FISH) kan utföras för uppföljande testning, om det anses lämpligt. Dessutom kan det i vissa fall vara nödvändigt att testa föräldrarna för att klargöra ett fynd av okänd betydelse.