Nukleinsyraamplifieringstester & Deras prestanda

De konventionella diagnostiska testerna, t.ex. odling och enzymimmunoassay, som tidigare använts för att detektera klamydia saknade känslighet, krävde livskraftiga organismer, steril utrustning, noggranna transportförhållanden och invasiv provtagning, inklusive spekulumundersökning hos kvinnor och uretralsvabbar hos män, vilket kräver en utbildad vårdgivare och en klinisk miljö med ett undersökningsrum. Med framväxten av tekniker för nukleinsyraamplifieringstest (NAAT) för klamydiatestning har vi nu tillgång till känsligare tester som i allmänhet kan tillåta användning av självplockade prover från material som samlats in längre bort från den ursprungliga infektionsstället (t.ex. urin för en livmoderhalsinfektion), som följaktligen kan innehålla färre organismer än i svabbprover som samlats in av en kliniker. Dessutom är transportförhållandena mindre kritiska för testets prestanda, vilket innebär att dessa prover kan samlas in utanför en traditionell klinikmiljö och i vissa fall till och med kan postas till det diagnostiska laboratoriet.

Men även om tillkomsten av NAAT-test har revolutionerat klamydiatestning finns det ett antal faktorer som bör beaktas när man tolkar resultaten av en studie eller väljer ut ett test för användning. Detta inkluderar att förstå hur testet ursprungligen utvärderades för användning, att vara medveten om vad ett positivt eller negativt resultat betyder och hur tillförlitligt det är samt att uppskatta hur testets prestanda kan skilja sig åt i andra befolkningsgrupper.

Hur utvärderades testet för användning?

Känslighet och specificitet är de två nyckelstatistikerna som används för att utvärdera prestandan hos ett screeningtest i jämförelse med en gold-standard-metod. Känslighet är sannolikheten för att ett diagnostiskt test kommer att vara positivt, givet att den sanna diagnosen är positiv, och specificitet är sannolikheten för att det diagnostiska testet kommer att vara negativt, givet att den sanna diagnosen är negativ. De bästa screeningtesterna har hög känslighet och hög specificitet. Låg sensitivitet leder till många falskt negativa resultat och låg specificitet leder till många falskt positiva resultat. Det har uttryckts farhågor om giltigheten av den offentliggjorda sensitiviteten och specificiteten för NAATs för klamydia, eftersom det för närvarande inte finns någon guldstandard för testet. Traditionellt har klamydiakultur fungerat som guldstandard och anses ha en specificitet på nästan 100 %. Jämfört med NAAT-test har dock kultur visat sig ha en mycket lägre känslighet, eftersom den endast påvisar levande organismer. Därför kan en uppskattning av sensitivitet och specificitet för ett nytt test genom att jämföra dess prestanda med odling resultera i snedvridna uppskattningar av sensitivitet och specificitet för det nya testet. I ett försök att minimera denna snedvridning föreslogs ursprungligen en metod för diskrepansanalys för utvärdering av NAATs för klamydia genom att utföra ett annat NAAT på provet för att avgöra de ”sanna” resultaten. Om detta ytterligare test var positivt ansågs det positiva resultatet vara sant positivt. Det fanns farhågor om att denna metod kan leda till en överskattning av sensitivitet och specificitet, men användningen har minskat. I stället har en annan uppskattningsmetod föreslagits, patient-infected-status-algoritm (PISA). Det har föreslagits flera versioner av PISA, men i huvudsak innebär PISA att man använder flera tester för att definiera ”guldstandarden”, och sensitiviteten och specificiteten hos ett nytt test jämförs sedan med denna. Det har dock visats att PISA också kan ge snedvridna skattningar av parametrar för testprestanda. I en serie simulerade scenarier som genomfördes av Hadgu och medarbetare innehöll ingen av de 95-procentiga KI:erna för PISA-baserade uppskattningar av känslighet och prevalens de verkliga värdena. Dessutom förändras de PISA-baserade uppskattningarna av sensitivitet och specificitet markant när den verkliga prevalensen förändras. Mer avancerade statistiska modelleringstekniker, t.ex. latentklassmodellering, har föreslagits som ett alternativ för att utvärdera testets prestanda. PISA har godkänts av den amerikanska läkemedelsmyndigheten FDA för utvärdering av diagnostiska klamydiatest, men både PISA och modellering av latenta klasser används nu för testutvärdering.

Hur tillförlitligt är ett positivt resultat?

Reproducerbarhet av NAATs, ett mått på i vilken grad resultaten av ett test förblir konsekventa vid upprepade tester av samma prov under samma villkor för en diagnostisk eller screeninganalys, är av största vikt. NAATs har tidigare haft stora problem med reproducerbarheten. För ungefär tio år sedan hade Abbott Laboratories (IL, USA) ligasekedjereaktion mycket uppmärksammade problem som till slut ledde till att testet inte längre fanns på marknaden. I en genomgång av reproducerbarheten hos NAAT för klamydia fann Hadgu et al. att för studier som använde PCR bekräftades mellan 37,5 och 96,7 % av de positiva resultaten, och för strängförskjutningsamplifiering (SDA) bekräftades mellan 79,3 och 93,7 % av de positiva resultaten. I en annan studie av Schachter och medarbetare bedömdes reproducerbarheten och man fann att 96,7 % av de positiva resultaten med PCR, 83,8 % med SDA och 97,7 % med TMA bekräftades. Hadgu et al. konstaterade att många av reproducerbarhetsproblemen med NAAT tycks uppstå i prover med låg positivitet, och därför rekommenderar vissa författare att prover med låga positiva resultat testas på nytt för att minska antalet potentiella falskt positiva resultat. Andra behandlar dessa lågpositiva prover som verkligt positiva och anser inte att det är nödvändigt att göra nya tester, eftersom de hävdar att om ett positivt test inte upprepas betyder det inte att det ursprungliga testresultatet var falskt positivt. Med tanke på den potentiella effekten av ett positivt klamydiatest på en individ och den potentiella inverkan som en positiv diagnos kan ha på relationer, bör positiva resultat dock tolkas med hänsyn till individens sexuella historia och kliniska bild, och när det finns tvivel bör ett nytt test övervägas.

Det bör också komma ihåg att NAATs inte kräver livskraftiga organismer när man tolkar ett positivt resultat. NAATs har överlägsen analytisk känslighet eftersom de potentiellt kan ge en positiv signal från så lite som en enda kopia av mål-DNA eller RNA i reaktionen. Denna höga känslighetsnivå kan dock skapa problem eftersom ett positivt NAAT-resultat visserligen kan återspegla en klinisk infektion, men testet kan också amplifiera döda organismer eller vara positivt till följd av ytkontaminering (inklusive kontaminering av behållaren när det gäller självinsamlade prover) och därmed ge en falskt positiv diagnos. Det är därför viktigt att en person inte testas på nytt för snabbt efter behandling av en infektion. Studier har undersökt dynamiken i klamydia-DNA- eller RNA-clearance efter behandling av klamydiainfektion. I en studie av 115 kvinnor som diagnostiserats med klamydia konstaterades att 7 och 14 dagar efter behandlingen hade 54 respektive 21 % av kvinnorna fortfarande påvisbart rRNA i sina självinsamlade vaginala svabbprover. En annan nyligen genomförd studie följde prospektivt 59 behandlade infektioner i livmoderhalsen och/eller rektum hos 52 kvinnor och män och bedömde systematiskt förekomsten av plasmid-DNA och rRNA från klamydia med hjälp av sekventiella mätningar vid flera tillfällen under en åttaveckorsperiod. I denna studie konstaterades att en hög andel (42 %) av klamydiainfektionerna testades positivt på minst ett av de prover som togs efter 3 veckor och frekventa intermittent positiva klamydiaresultat över tid. Även om möjligheten av en ny infektion inte kan uteslutas i någon av dessa studier, tyder deras resultat på att förnyade tester för tidigt efter behandling kan leda till en falskt positiv diagnos. I CDC:s nuvarande riktlinjer för behandling av sexuellt överförbara sjukdomar avråds från ett test av botemedel 3-4 veckor efter behandling, och man rekommenderar nu att icke-gravida kvinnor och män som diagnostiserats med klamydia bör testas på nytt 3 månader efter en positiv diagnos.

Hur tillförlitligt är ett negativt resultat?

Falskt negativa resultat på grund av mutationer i målgenen i kommersiella tester är en annan fråga som kan påverka testets prestanda och belyser vikten av fortsatt övervakning för att säkerställa att en eventuell nedgång i klamydiadiagnoser inte beror på införandet av mutationer i de stammar som för närvarande cirkulerar i befolkningen. Ett exempel på detta är den klamydiavariant som identifierades i Sverige 2006, med en 377 baspars deletion i den kryptiska plasmiden. Detta fynd kom efter den oväntade 25-procentiga minskningen av klamydiainfektioner mellan november 2005 och augusti 2006 i Hallands län i sydvästra Sverige. Detta fick viktiga konsekvenser för diagnosen av klamydiainfektioner, eftersom flera kommersiellt tillgängliga klamydiaanalyser påverkades.

Förändras testprestanda i olika befolkningsgrupper?

En annan viktig statistik som används för att beskriva prestandan hos ett diagnostiskt test är positivt prediktivt värde (PPV). PPV är andelen personer som testar positivt för sjukdomen och som faktiskt har sjukdomen. Det är relaterat till prevalensen av sjukdomen i befolkningen och när prevalensen ökar, ökar testets PPV. Vid låg prevalens minskar PPV och andelen falskt positiva testresultat ökar. Figur 2 nedan visar sambandet mellan PPV och prevalens för ett NAAT med 90 % känslighet och olika nivåer av specificitet. Det är värt att notera att vid låga prevalensuppskattningar sker en brant minskning av PPV, vilket innebär en hög andel falskt positiva diagnoser. Figuren visar att vid 4 % prevalens och 97 % specificitet är PPV cirka 50 %, vilket innebär att hälften av de positiva NAAT-testresultaten kommer att vara falskt positiva, medan andelen positiva test som är falskt positiva vid 99,5 % specificitet sjunker till 12 %.

Det finns betydande konsekvenser för folkhälsan av falskt positiva klamydiaresultat. För det första kan falskt positiva diagnoser ha avsevärda sociala och psykologiska skador på en individ, liksom på hans eller hennes relation, en faktor som inte bör underskattas. För det andra kommer uppskattningar av incidens och prevalens att överskattas, vilket leder till en snedvriden övervakning av övervakning och forskningsresultat; detta har också konsekvenser för kostnadseffektivitetsanalyser. Slutligen kommer falskt positiva resultat oundvikligen att leda till överbehandling av individer.