Patogenes: De flesta arter är inte betydande patogener och orsakar liten eller ingen sjukdom. Vissa arter är dock mycket patogena och orsakar katarrhalisk eller hemorragisk enterit genom allvarlig erosion av slemhinnorna genom celllys som resulterar i riklig vattnig till blodig diarré. Den kliniska sjukdomen är vanligtvis inte uppenbar förrän kumulativa vävnadsskador i samband med andra eller tredje generationens schizogoni uppstår. Moderat drabbade djur kan uppvisa progressiva tecken som dålig viktökning eller viktförlust, svaghet och avmagring, medan svårt drabbade individer kan dö snart efter det att sjukdomen uppträtt. Patogeniteten beror på många faktorer, t.ex. parasitart, livsduglighet, infektionsförmåga, virulens, tropism, värdålder, näringsstatus, immunologisk kompetens samt rådande miljöförhållanden (temperatur, fuktighet) och skötselmetoder. Unga djur är mest mottagliga för klinisk sjukdom, även om överlevande djur utvecklar en stark specifik skyddande immunitet mot efterföljande infektion och sjukdom.

Transmissionssätt: Oocystor som utsöndras med värdens avföring kontaminerar den yttre miljön, men de måste genomgå intern sporulering (sporozoitbildning) innan de blir infektiösa. Nya värdar smittas när de får i sig sporulerade oocystor som förorenar livsmedel eller vatten (fekal-oral överföring). Efter intag av oocystor och sporocystor excystas i tarmarna och släpper ut sina sporozoiter som invaderar värdceller för att påbörja merogoni. Stimulans för excystation är lämpliga fysikalisk-kemiska förhållanden efter magsäcken, t.ex. syrenivåer, pH-värde, gallsalter, pankreasenzymer etc.

Differentialdiagnos: Kliniska tecken sammanfaller vanligen med parasitens patenterbarhet (patenterbar period = period under vilken oocystor produceras). Infektioner diagnostiseras vanligen genom koprologisk undersökning av värdens faeces med avseende på koccidiernas oocystor (koncentrerade med hjälp av olika sedimentations- och flotationstekniker). Oocystor som inte är färgade observeras bäst genom ljusmikroskopi med hjälp av suboptimal genomlyst belysning (kondensor neddragen för att införa diffraktion), fas-kontrast- eller interferens-kontrastoptik. Färska fekaliska prover kan endast innehålla oocystor som inte är sporulerade, så en differentiell specifik diagnos kan ibland kräva kortvarig förvaring för att underlätta sporulering (2 % kaliumdikromat används ofta för att undertrycka mikrofloran under förvaring, men inte för poolarter, och kylning kan sakta ner processen om så krävs för fältprover). Forskare har nyligen använt en rad molekylära tekniker för att karakterisera den genetiska variationen mellan och inom parasitarter, men få tekniker är lämpliga för rutinmässig diagnostisk användning.

Behandling och kontroll: Sjukdomsutvecklingen är vanligtvis så snabb att all terapeutisk (botande) behandling helt enkelt kan komma för sent. Därför används ofta kontinuerlig medicinering i mat eller vatten för profylaktisk (förebyggande) behandling i många intensiva djurindustrier. Det finns ett brett utbud av läkemedel, inklusive sådana med coccidio-statisk (reversibelt undertryckande) eller coccidio-cidal (irreversibelt dödlig) verkan. De viktigaste läkemedelsgrupperna är sulfonamider (sulfanilamid, trimetoprim, ethopabat), pyridinoler (klopidol, dekokinat), nitrobenzamider (zoalen), organiska arsenikaler (roxarson), nitrofuraner (furazolidon, amprolium), quinazolinoner (halofuginon), polyeterjonofora antibiotika (monensin, laslocid, salinomycin, narasin), asymmetriska (diclazuril) och symmetriska (toltrazuril) triaziner. Tyvärr finns det allt större problem med läkemedelsresistens hos många koccidiearter, särskilt mot syntetiska läkemedel som tenderar att bestå i parasitpopulationer. Många industrier rekommenderar regelbunden rotation mellan olika läkemedelsgrupper och användning av kombinationsläkemedel (cocktails) för att minimera förekomsten av resistens. De flesta koccidieinfektioner stimulerar utvecklingen av starka skyddande immunsvar, även om de är övergående om de inte är förebyggande (kortvariga om inte parasiterna kvarstår). Man har haft stor framgång med kontroll genom immunoprofylax med hjälp av försvagade eller tidigt utvecklade stammar av parasiter, särskilt inom fjäderfäindustrin. Forskare försöker nu utveckla rekombinanta subcellulära vacciner. Utbrott kan i allmänhet kontrolleras med hjälp av förvaltningsmetoder som bygger på förbättrad hygien, minskad trängsel, avlägsnande av kontaminerat strö och isolering av smittade individer. Kemisk desinfektion är vanligen opraktiskt eftersom oocystorna är resistenta mot många konventionella desinfektionsmedel.