Loggains tjänstgjorde som offensiv koordinator för Tennessee Titans 2012-2013 som en del av Mike Munchaks tränarstab. Dagarna efter att Ken Whisenhunt tog över som Titans huvudtränare 2014 informerades Loggains om att han inte skulle stanna kvar i organisationen. Han hade tidigare varit lagets quarterbackscoach.
Loggains tillbringade 2014 som quarterbackscoach för Cleveland Browns. Han var en förespråkare för att drafta Texas A&M quarterback Johnny Manziel.
Nästa år letade Loggains efter ett jobb. Han intervjuades för ett jobb som offensiv koordinator av New York Giants, men anställdes istället av Bears den 23 januari 2015 som quarterbackscoach. Under Loggains ledning hade quarterbacken Jay Cutler en av sina bästa säsonger då han avslutade 2015 med 3 629 passing yards, 21 touchdowns, 11 interceptions och karriärens högsta siffror i passer rating (92,3) och completion percentage (64,4). De 11 interceptions var de lägsta i hans karriär och resulterade i en interceptionsprocent på 2,3, den lägsta under en säsong då han har startat minst 12 matcher, medan 21 touchdowns var hans näst högsta sedan 2011 och de 3 629 yards var de tredje högsta i hans karriär. Vid tredje down hade Cutler en passer rating på 103,2 (fjärde i NFL) efter att ha slutfört 91 av 141 passningar för 1 242 yards, sju touchdowns och två interceptions. Mot Seattle Seahawks däremot avslutade reservquarterback Jimmy Clausen 9 av 17 passningar för 63 yards, och inklusive sacks noterades 48 nettopassningar, vilket var andra gången sedan säsongen 1990 som Bears hade mindre än 50 nettopassningar. Bears avslutade året med 228,9 passing yards per match, vilket var 23:e plats i ligan, och quarterbackgruppen hade en sammanlagd procentandel av avslutade passningar på 63,9 och en procentandel av interceptioner på 2,3, vilket båda var tredje plats i lagets historia, tillsammans med 3 843 bruttopassningsyards och en 42.5 third down-procent (fjärde), 3 660 netto passing yards (femte), tillsammans med 5 514 totala netto yards och en passer rating på 89,7 (sjätte).
Loggains befordrades till offensiv koordinator den 11 januari 2016 när Adam Gase lämnade positionen för att bli huvudtränare för Miami Dolphins. Bears kämpade under Loggains tid som OC, med en ranking från november 2017 av ESPN som placerade honom på sista plats bland 32 playcallers, samtidigt som offensiven avslutade säsongen 2017 med ett snitt på bara 16,5 poäng per match (29:e i ligan). Efter att huvudtränaren John Fox fick sparken återförenades Loggains med Gase i Miami och fick en annan position som offensiv koordinator.
Den 23 januari 2019 återförenades Loggains med Adam Gase igen efter att han anställts som offensiv koordinator/quarterbackscoach för New York Jets. 25 oktober 2020, inför matchen vecka 7 mot Buffalo Bills, gav huvudtränaren Adam Gase upp uppgifterna som offensiv play calling och gav dem till Loggains. Trots en stark insats i första halvlek med en ledning med 10-6 lyckades Loggains inte få fart på andra halvlek, vilket kulminerade i en 18-10-förlust mot Buffalo. Den 28 oktober 2020, inför matchen mot Kansas City Chiefs, rapporterades det att Loggains återigen skulle få uppgifter som offensiv play calling.