LogP-värdet för en förening, som är logaritmen av dess fördelningskoefficient mellan n-oktanol och vatten log(koktanol/vatten), är ett väletablerat mått på föreningens hydrofilicitet. Låg hydrofilitet och därmed höga logP-värden orsakar dålig absorption eller permeation. Det har visat sig att för att föreningar skall ha en rimlig sannolikhet att absorberas väl får deras logP-värde inte vara större än 5,0. Fördelningen av beräknade logP-värden för mer än 3000 läkemedel på marknaden understryker detta faktum (se diagrammet)

Vår egen logP-beräkningsmetod är implementerad som ett inkrementssystem som lägger till bidrag från varje atom baserat på dess atomtyp. Sammantaget skiljer cLogP-prognosmotorn 368 atomtyper som består av olika egenskaper hos själva atomen (atomnummer och ringtillhörighet) och dess direkta grannar (bindningstyp, aromaticitetstillstånd och kodat atomnummer). Mer än 5 000 föreningar med experimentellt bestämda logP-värden användes som träningsuppsättning för att optimera de 369 bidragsvärden som är kopplade till atomtyperna. Korrelationsplotten (se diagram) visar beräknade kontra experimentellt bestämda logP-värden för en oberoende testuppsättning av mer än 5 000 föreningar som skiljer sig från träningsuppsättningen.