Jussieu föddes i Lyon. Han gick till Paris för att studera medicin och tog examen 1770. Han var professor i botanik vid Jardin des Plantes från 1770 till 1826. Hans son Adrien-Henri blev också botaniker.

I sin studie av blommande växter, Genera plantarum (1789), antog Jussieu en metodik som bygger på användningen av flera tecken för att definiera grupper, en idé som härstammar från naturforskaren Michel Adanson. Detta var en betydande förbättring jämfört med Linnés ”artificiella” system, vars mest populära verk klassificerade växter i klasser och ordningar baserat på antalet ståndare och pistiller. Jussieu behöll dock Linnés binomiala nomenklatur, vilket resulterade i ett verk som fick långtgående konsekvenser; många av dagens växtfamiljer tillskrivs fortfarande Jussieu. Mortons History of botanical science från 1981 räknar 76 av Jussieus familjer som bevarats i ICBN, jämfört med endast 11 för Linné, till exempel. När Sydney Howard Vines skrev om det naturliga systemet anmärkte han

”Äran för denna krönande prestation tillhör Jussieu: han var den kapabla man som dök upp just i det psykologiska ögonblicket, och det är de män som dyker upp på detta sätt som har gjort och kommer att fortsätta att göra alla vetenskapens stora generaliseringar.”

1788 valdes han in som utländsk ledamot av Kungliga Vetenskapsakademien. Han var medlem av frimurarlogen Les Neuf Sœurs.