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El gobierno de Azhari detuvo temporalmente el progreso hacia la autodeterminación de Sudán, con la esperanza de promover la unidad con Egipto. Aunque su NUP pro-egipcio había ganado la mayoría en las elecciones parlamentarias de 1953, Azhari se dio cuenta de que la opinión popular había cambiado en contra de la unión con Egipto. En consecuencia, Azhari, que había sido el principal portavoz de la «unidad del Valle del Nilo», dio marcha atrás a la postura del NUP y apoyó la independencia de Sudán. El 19 de diciembre de 1955, el parlamento sudanés, bajo el liderazgo de Azhari, aprobó por unanimidad una declaración de independencia; el 1 de enero de 1956, Sudán se convirtió en una república independiente. Azhari pidió la retirada de las tropas extranjeras y solicitó a las potencias del condominio que patrocinaran un plebiscito antes de la fecha prevista.
La política de la independencia
Sudán logró la independencia sin que los partidos políticos rivales se pusieran de acuerdo sobre la forma y el contenido de una constitución permanente. En su lugar, la Asamblea Constituyente adoptó un documento conocido como la Constitución de Transición, que sustituyó al gobernador general como jefe de Estado por una Comisión Suprema de cinco miembros que fue elegida por un parlamento compuesto por un Senado de elección indirecta y una Cámara de Representantes de elección popular. La Constitución de Transición también asignaba el poder ejecutivo al primer ministro, que era nombrado por la Cámara de Representantes y confirmado en el cargo por la Comisión Suprema.
Aunque logró la independencia sin conflictos, Sudán heredó muchos problemas del condominio. El principal de ellos fue la situación de la administración pública. El gobierno colocó a sudaneses en la administración y proporcionó indemnizaciones y pensiones a los funcionarios británicos del Servicio Político de Sudán que abandonaron el país; retuvo a los que no podían ser sustituidos, en su mayoría técnicos y profesores. Jartum logró esta transformación rápidamente y con un mínimo de turbulencias, aunque los sureños se resintieron por la sustitución de los administradores británicos en el sur por sudaneses del norte. Para promover sus intereses, muchos líderes del sur concentraron sus esfuerzos en Jartum, donde esperaban obtener concesiones constitucionales. Aunque estaban decididos a resistir lo que percibían como imperialismo árabe, se oponían a la violencia. La mayoría de los representantes del sur apoyaban la autonomía provincial y advertían que si no se conseguían concesiones legales, el sur se rebelaría.
El régimen parlamentario introdujo planes para ampliar los sectores educativo, económico y de transporte del país. Para lograr estos objetivos, Jartum necesitaba ayuda económica y técnica extranjera, a la que Estados Unidos se comprometió pronto. Las conversaciones entre los dos gobiernos habían comenzado a mediados de 1957, y el parlamento ratificó un acuerdo de ayuda estadounidense en julio de 1958. Washington esperaba que este acuerdo redujera la excesiva dependencia de Sudán de una economía de un solo cultivo (algodón) y facilitara el desarrollo de la infraestructura de transporte y comunicaciones del país.
El primer ministro formó un gobierno de coalición en febrero de 1956, pero se enemistó con la Khatmiyyah al apoyar políticas gubernamentales cada vez más seculares. En junio, algunos miembros de la Khatmiyyah que habían desertado del NUP crearon el Partido Democrático del Pueblo (PDP) bajo el liderazgo de Mirghani. La Umma y el PDP se unieron en el parlamento para derrocar al gobierno de Azhari. Con el apoyo de los dos partidos y el respaldo de los Ansar y los Jatmiyyah, Abd Allah Khalil formó un gobierno de coalición.
Los principales problemas a los que se enfrentaba el gobierno de coalición de Khalil eran conseguir un acuerdo sobre una constitución permanente, estabilizar el sur, fomentar el desarrollo económico y mejorar las relaciones con Egipto. Las tensiones dentro de la coalición Umma-PDP obstaculizaron la capacidad del gobierno para avanzar en estos asuntos. La Umma, por ejemplo, quería que la constitución propuesta instituyera una forma de gobierno presidencial en el supuesto de que Abd ar Rahman al Mahdi fuera elegido primer presidente. No había consenso sobre el futuro económico del país. Una mala cosecha de algodón siguió a la extraordinaria cosecha de 1957, que Sudán no pudo vender a buen precio en un mercado saturado. Este declive agotó las reservas de Sudán y provocó malestar por las restricciones económicas impuestas por el gobierno. Para superar estos problemas y financiar futuros proyectos de desarrollo, la Umma pidió una mayor dependencia de la ayuda extranjera. El PDP, sin embargo, se opuso a esta estrategia porque promovía una influencia extranjera inaceptable en Sudán. La filosofía del PDP reflejaba el nacionalismo árabe propugnado por Gamal Abdul Nasser, que había sustituido al líder egipcio Naguib en 1954. A pesar de estas diferencias políticas, la coalición Umma-PDP duró el año que quedaba de legislatura. Además, tras el cierre del parlamento, los dos partidos prometieron mantener un frente común para las elecciones de 1958.
El electorado dio una pluralidad en ambas cámaras a la Umma y una mayoría general a la coalición Umma-PDP. El NUP, sin embargo, obtuvo casi una cuarta parte de los escaños, en gran parte procedentes de los centros urbanos y de los trabajadores agrícolas de Gezira Scheme. En el sur, el voto representó un rechazo a los hombres que habían cooperado con el gobierno -los votantes derrotaron a los tres sureños del gabinete preelectoral- y una victoria para los defensores de la autonomía dentro de un sistema federal. El resentimiento contra la toma de posesión de las escuelas de las misiones por parte del gobierno y contra las medidas empleadas en la represión del motín de 1955 contribuyó a la elección de varios candidatos que habían estado implicados en la rebelión.
Tras la convocatoria del nuevo parlamento, Khalil volvió a formar un gobierno de coalición Umma-PDP. Desgraciadamente, el faccionalismo, la corrupción y el fraude en los votos dominaron las deliberaciones parlamentarias en un momento en que el país necesitaba una acción decisiva con respecto a la constitución propuesta y al futuro del sur. Como resultado, la coalición Umma-PDP no logró ejercer un liderazgo eficaz.
Otro tema que dividió al parlamento fue el de las relaciones entre Sudán y Estados Unidos. En marzo de 1958, Khalil firmó un acuerdo de asistencia técnica con Estados Unidos. Cuando presentó el pacto al parlamento para su ratificación, descubrió que el NUP quería utilizar el asunto para derrotar a la coalición Umma-PDP y que muchos delegados del PDP se oponían al acuerdo. Sin embargo, la Umma, con el apoyo de algunos delegados del PDP y del sur, consiguió que se aprobara el acuerdo.
El fraccionalismo y los sobornos en el parlamento, junto con la incapacidad del gobierno para resolver los numerosos problemas sociales, políticos y económicos de Sudán, aumentaron la desilusión popular con el gobierno democrático. Entre las quejas concretas se encuentra la decisión de Jartum de vender el algodón a un precio superior al del mercado mundial. Esta política se tradujo en bajas ventas de algodón, el producto básico del que Sudán obtenía la mayor parte de sus ingresos. Las restricciones a las importaciones impuestas para aliviar la presión sobre las reservas de divisas agotadas causaron consternación entre los habitantes de las ciudades que se habían acostumbrado a comprar productos extranjeros. Además, los habitantes de las zonas rurales del norte también sufrieron el embargo que Egipto impuso a las importaciones de ganado, camellos y dátiles procedentes de Sudán. El creciente descontento popular provocó muchas manifestaciones antigubernamentales en Jartum. Egipto también criticó a Khalil y sugirió que podría apoyar un golpe de estado contra su gobierno. Mientras tanto, en Jartum circularon informes de que la Umma y el NUP estaban cerca de llegar a un acuerdo sobre una nueva coalición que excluiría al PDP y a Khalil.
El 17 de noviembre de 1958, el día en que debía reunirse el parlamento, se produjo un golpe militar. Khalil, que era un general retirado del ejército, planificó el golpe preventivo junto con los principales miembros de la Umma y los dos generales superiores del ejército, Ibrahim Abbud y Ahmad Abd al Wahab, que se convirtieron en líderes del régimen militar. Abbud se comprometió inmediatamente a resolver todas las disputas con Egipto, incluido el antiguo problema del estatus del río Nilo. Abbud abandonó las políticas poco realistas del gobierno anterior respecto a la venta de algodón. También nombró una comisión constitucional, encabezada por el presidente del Tribunal Supremo, para redactar una constitución permanente. Sin embargo, Abbud mantuvo que los partidos políticos sólo servían como vehículos para las ambiciones personales y que no se restablecerían cuando se restaurara el gobierno civil.