Diagnosticada, la clamidia puede tratarse y curarse fácilmente como se ha descrito anteriormente. La clamidia es una grave amenaza para la salud, especialmente para las mujeres. Si no se trata, la clamidia puede causar graves y costosos problemas de salud reproductiva y de otro tipo que incluyen consecuencias a corto y largo plazo, incluida la enfermedad inflamatoria pélvica (EIP), que es el vínculo fundamental con la infertilidad, y un embarazo tubárico potencialmente mortal. La EPI puede dejar cicatrices y bloquear las trompas de Falopio. Esto puede hacer que la mujer sea estéril y no pueda quedarse embarazada. Los óvulos fecundados pueden no llegar al útero porque las trompas están bloqueadas. Si se desarrollan en las trompas, esto se denomina embarazo ectópico o embarazo tubárico. La mujer puede morir si el embarazo se desarrolla fuera del útero. Suele necesitar una intervención quirúrgica de urgencia. Las mujeres con enfermedad inflamatoria pélvica de las trompas de Falopio tienen entre 7 y 10 veces más probabilidades que otras mujeres de tener embarazos ectópicos.

La clamidia también puede dejar estériles a los hombres. Puede extenderse desde la uretra hasta los testículos. Entonces puede dar lugar a una enfermedad llamada epididimitis. La epididimitis puede causar esterilidad. Los síntomas incluyen fiebre, así como hinchazón y un grado variable de dolor en el escroto.

La clamidia también puede dar lugar a resultados adversos del embarazo, incluyendo conjuntivitis neonatal (infecciones oculares del recién nacido) y neumonía. Además, investigaciones recientes han demostrado que las mujeres infectadas con clamidia tienen un riesgo entre 3 y 5 veces mayor de adquirir el VIH, si están expuestas.