În ciuda lipsei de precipitații, vegetația naturală a Egiptului este variată. O mare parte din deșertul vestic este total lipsită de orice fel de viață vegetală, dar acolo unde există o formă de apă se găsește creșterea obișnuită în deșert a plantelor perene și a ierburilor; banda de coastă are o viață vegetală bogată primăvara. Deșertul de Est primește precipitații puține, dar susține o vegetație variată care include tamarisc, salcâm și markh (un copac fără frunze și fără spini, cu ramuri goale și crengi subțiri), precum și o mare varietate de arbuști spinoși, plante suculente mici și ierburi aromatice. Această creștere este și mai izbitoare în wadisurile din Dealurile Mării Roșii și din Sinai și în Munții ʿIlbah (Elba) din sud-est.

Nilul și canalele și șanțurile de irigații susțin multe varietăți de plante acvatice; lotusul din antichitate se găsește în canalele de drenaj din deltă. Există mai mult de 100 de tipuri de ierburi, printre care bambusul și espartul (ḥalfāʾ), o iarbă aspră și lungă care crește în apropierea apei. Stufărișurile perene robuste, cum ar fi stuful spaniol și stuful comun, sunt larg răspândite în Egiptul de Jos, dar papirusul, cultivat în antichitate, se găsește acum doar în grădinile botanice.

Palmele de curmale, atât cultivate, cât și subspontane, se găsesc în toată delta, în valea Nilului și în oaze. Palmierul doum (Hyphaene thebaica; un palmier african în formă de evantai) se identifică în special cu Egiptul superior (partea sudică a văii Nilului) și cu oazele, deși există exemple dispersate și în alte părți.

Există foarte puțini arbori indigeni. Zimbrul fenician este singurul conifer nativ, deși există mai multe specii de conifere cultivate. Salcâmul este larg răspândit, la fel ca și eucaliptul și sicomorul. Mai multe specii din genul Casuarina (ordinul lemnului de vită), importate în secolul al XIX-lea, sunt acum cei mai importanți arbori de lemn din țară. Alte importuri străine, cum ar fi jacaranda, poinciana regală (un arbore cu flori portocalii sau stacojii) și lebbek (Albizia lebbek; un arbore legumicol), au devenit o trăsătură caracteristică a peisajului egiptean.

Animalele domestice includ bivoli, cămile, măgari, oi și capre, acestea din urmă fiind deosebit de remarcabile în mediul rural egiptean. Animalele care figurează atât de proeminent pe frizele egiptene antice – hipopotami, girafe și struți – nu mai există în Egipt; crocodilii se găsesc doar la sud de Marele Baraj Aswān. Cel mai mare animal sălbatic este aoudadul (un tip de oaie cu barbă), care supraviețuiește în fasturile sudice ale deșertului vestic. Alte animale din deșert sunt gazela Dorcas, fennecul (o vulpe mică, care trăiește în deșert), ibexul de Nubia, iepurele egiptean și două tipuri de jerboa (un rozător asemănător unui șoarece cu picioare posterioare lungi pentru sărituri). Șacalul egiptean (Canis lupaster) încă mai există, iar hyraxul se găsește în munții Sinai. Există două mamifere carnivore: pisica Caffre, o mică felină prădătoare, și ichneumon, sau mangusta egipteană. Se găsesc mai multe varietăți de șopârle, inclusiv monitorul mare. Șerpii otrăvitori includ mai mult de o specie de vipere; șarpele pestriț se găsește în toată valea Nilului, iar cobra egipteană (Naje haje) în zonele agricole. Scorpionii sunt comuni în regiunile deșertice. Există numeroase specii de rozătoare. Se găsesc multe varietăți de insecte, inclusiv lăcusta.

Egiptul este bogat în avifaună. Multe păsări trec în număr mare în timpul migrațiilor de primăvară și de toamnă; în total, pot fi văzute peste 200 de tipuri de păsări migratoare, precum și peste 150 de păsări rezidente. Corbul cu glugă este un rezident familiar, iar zmeul negru este caracteristic de-a lungul văii Nilului și în Al-Fayyūm. Printre păsările de pradă se numără șoimul lăncier și cerberul. În deșertul estic și în Peninsula Sinai trăiesc lammergeiers și vulturi aurii. Ibisul sacru (o pasăre rătăcitoare cu cioc lung asociată cu Egiptul antic) nu se mai găsește, dar egreta mare albă și egreta bovină apar în valea Nilului și în Al-Fayyūm, la fel ca și hulpava (o pasăre cu o creastă erectilă în formă de evantai). Păsările rezidente din deșert sunt o categorie distinctă, numărând aproximativ 24 de feluri.

Nilul conține aproximativ 190 de varietăți de pești, cele mai comune fiind bulṭī (Tilapia nilotica; un pește cu solzi grosieri, cu aripioare spinoase) și bibanul de Nil. Lacurile de pe coasta deltei conțin în principal būrī (moluște cenușii). Lacul Qārūn din guvernoratul Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) a fost populat cu būrī, iar lacul Nasser cu bulṭī, care cresc foarte mari în apele sale.

.