Uganda a suferit conflicte intermitente de la obținerea independenței în 1962. În 1967, primul prim-ministru, Dr. Milton Obote, l-a răsturnat pe primul președinte al țării, Sir Edward Mutesa II, și a declarat Uganda republică. Au urmat mai multe lovituri de stat militare și regimuri violente – inclusiv cel al lui Idi Amin (1971-1979) – care au dus de atunci la sute de mii de morți și la suferința prelungită a ugandezilor. La 55 de ani de la independență, țara nu a asistat încă la o predare democratică a puterii de la un lider la altul.

Cea mai recentă lovitură de stat, în 1986, l-a adus la putere pe actualul președinte Yoweri Museveni. Guvernul său s-a confruntat cu opoziția armată a diferitelor grupuri din întreaga țară. Printr-o dictatură hibridă de dictatură și manipulare, Museveni a deținut strâns mantaua puterii în țară în ultimii 31 de ani și chiar mai mult.
Din anii 1990, Uganda a fost implicată într-o serie de războaie civile, cel mai prelungit fiind războiul de 20 de ani împotriva Armatei de Rezistență a Domnului (LRA) a lui Joseph Kony, al cărei scop era de a stabili un stat bazat pe cele zece porunci. LRA a devenit de notorietate pentru răpirea a 60.000 de copii pentru a-i servi drept copii soldați și sclavi sexuali.

O perioadă de stabilitate a urmat negocierilor de pace de la Juba din 2006- 2008, dar violențele au reînceput curând după o ofensivă militară eșuată pentru a elimina LRA din ascunzătorile sale din Garamba, ceea ce a dus la incursiunile sale actuale în Republica Centrafricană și în părți din Republica Democratică Congo.

În 2005, cei cinci lideri principali ai LRA au fost puși sub acuzare pentru crime de război și crime împotriva umanității. Începând din 2017, doar un comandant inferior, Dominic Ongwen, este judecat la Curtea Penală Internațională. Cu toate acestea, Kony rămâne în libertate. Forța operațională regională a Uniunii Africane, susținută de SUA, a împins grupul înapoi, anunțând încheierea misiunii sale în mai 2017. Cu toate acestea, unii analiști susțin că scindările active din RCA indică un potențial de resurgență.

În ciuda angajamentelor anterioare față de democrație și drepturile omului, Museveni a abolit, de asemenea, limita mandatului său. Multiplele sale realegeri au fost umbrite de acuzații de fraudă electorală și violență. În 2016, adversarul său, Dr. Kizza Besigye, și susținătorii săi au fost hărțuiți violent de forțele de securitate, acționând aparent cu impunitate. Începând din septembrie 2017, Museveni s-a angajat într-un demers în forță în Parlament pentru a modifica articolul 102 litera (b) din Constituție în vederea eliminării limitelor de mandat pentru președinția ugandeză și a deschiderii drumului pentru un mandat pe viață.

Un milion de refugiați sudanezi au fugit, de asemenea, în Uganda din cauza războiului civil, punând și mai multă presiune asupra statului și societății ugandeze.

.