După Revoluția cubaneză din 1959, Cuba a restricționat practica religioasă, ceea ce a dus la persecutarea multor catolici în universități și la locurile de muncă. Prin constituția sa, guvernul recunoaște dreptul cetățenilor de a profesa și practica orice credință religioasă în cadrul respectării legii; cu toate acestea, în practică, guvernul impune restricții asupra libertății religioase.
Studii ar fi încercat să stabilească o legătură între religiile afro-cubaneze și bolile mintale.Campania pentru eradicarea discriminării rasiale în Cuba a fost (și este) folosită ca un motiv pentru a interzice crearea de instituții afro-cubaneze, deoarece acest lucru a fost etichetat ca fiind divizator din punct de vedere rasial.
Anii ’70 au fost turbulenți, iar mulți credincioși au decis să-și ascundă credința ca răspuns la persecuția statului. Mulți părinți nu doreau să-și împovăreze copiii cu greutățile pe care le-ar fi moștenit dacă ar fi fost botezați ca și creștini și, prin urmare, nu i-au crescut ca atare. În 1971, arhidieceza din Havana a raportat doar 7.000 de botezuri. În 1989, această cifră a crescut la 27.609, iar în 1991 la 33.569.
În 1985, Consiliul de Stat de la Havana a publicat o carte foarte bine vândută numită Fidel și religia, care era transcrierea prescurtată a 23 de ore de interviuri între Fidel Castro și un călugăr brazilian de teologie a eliberării pe nume Frei Betto, care, în afara publicației, și-a asumat responsabilitatea pentru excluderea celor care nu sunt atei din rândul membrilor Partidului Comunist pe motiv că:
Ceea ce ceream noi era adeziunea deplină la marxism-leninism… Oricine se alătura partidului trebuia să accepte politica și doctrina partidului în toate privințele.
În anii următori și după prăbușirea Uniunii Sovietice, statul a adoptat o poziție mai conciliantă față de religie și și-a diminuat promovarea ateismului. În noiembrie 1991, Partidul Comunist a început să permită accesul credincioșilor în rândurile sale. În iulie 1992, Constituția a fost modificată pentru a elimina definiția Cubei ca fiind un stat bazat pe marxism-leninism, iar articolul 42 a fost adăugat, interzicând discriminarea pe bază de credință religioasă.
Cu toate acestea, la începutul anilor 1990, după trei decenii de ateism de stat, societatea cubaneză a devenit aproape în totalitate secularizată. Prezența săptămânală la biserică pe insula de 11 milioane de locuitori a fost estimată la aproximativ 250.000 sau aproximativ 2% din populație (cu o împărțire egală între catolici și protestanți).Cuba avea mai puțini preoți pe cap de locuitor decât orice altă țară din America Latină.
Din 1998, restricțiile au fost atenuate și provocările instituțiilor de stat la adresa dreptului la credință au fost, de asemenea, atenuate, deși biserica se confruntă în continuare cu restricții privind comunicarea scrisă și electronică și nu poate accepta donații decât din surse de finanțare aprobate de stat. Biserica Catolică este formată din Conferința Episcopilor Catolici din Cuba (COCC), condusă de Jaime Lucas Ortega y Alamino, cardinal arhiepiscop de Havana. Are unsprezece dieceze, 56 de ordine de călugărițe și 24 de ordine de preoți.
Conferința episcopală cubaneză a fost foarte critică față de embargoul american împotriva Cubei și a susținut că întreaga populație a avut de suferit de pe urma acestuia. Conferința Episcopilor Catolici din Statele Unite a fost influențată de acest lucru și a susținut că alimentele și medicamentele ar trebui să fie excluse din embargo.
În ianuarie 1998, Papa Ioan Paul al II-lea a făcut o vizită istorică pe insulă, la invitația guvernului cubanez și a Bisericii Catolice. El a criticat blocada americană în timpul vizitei sale.
La 20 octombrie 2008, prima biserică ortodoxă din Cuba a fost deschisă în timpul unei ceremonii oficiale la care a participat Raúl Castro.
.