Ramura celulelor T a sistemului imunitar poate răspunde la o varietate practic infinită de antigeni exogeni, incluzând astfel posibilitatea recunoașterii autoantigenului și a unor reacții autoimune periculoase. Prin urmare, mecanismele de reglementare acționează atât în timpul ontogenezei în timus, cât și după naștere la periferie. Controlul celulelor T autoreactive are loc printr-un proces de selecție negativă care are ca rezultat apoptoza celulelor T care prezintă o mare afinitate pentru autopeptidele exprimate la nivel timic prin intermediul expresiei genice promiscue. Celulele T autoreactive care au scăpat de selecția negativă sunt controlate la periferie prin alte mecanisme de reglare, cele mai importante fiind celulele T reglatoare naturale Foxp3+ T (Treg). Reglarea este, de asemenea, necesară pentru a controla răspunsurile excesive ale celulelor T efectoare împotriva antigenelor exogene, atunci când acestea devin periculoase pentru organism. Au fost recunoscute trei tipuri de celule T efectoare: celulele T helper 1 (Th1), care sunt protectoare împotriva bacteriilor intracelulare; celulele Th2, care joacă un anumit rol în protecția împotriva nematozilor, dar sunt responsabile de reacțiile alergice; celulele Th17, care sunt probabil eficiente în protecția împotriva bacteriilor extracelulare, dar joacă, de asemenea, un rol în amplificarea tulburărilor autoimune. Răspunsurile efectoare Th anormale sau excesive sunt reglementate prin diferite mecanisme. Redirecționarea sau devierea imunitară a răspunsurilor dominate de Th1 sau Th2 este asigurată de citokine produse de aceleași tipuri de celule și de chemokinele CXCL4 și CXCL10 care se leagă de CXCR3. În plus, atât răspunsurile Th1, cât și cele Th2 pot fi suprimate de celulele Treg adaptative prin mecanisme dependente de contact și/sau prin producerea de IL-10 și de factorul de creștere transformant-beta (TGF-beta). În cele din urmă, TGF-beta1 poate promova dezvoltarea atât a celulelor efectoare Th17, cât și a celulelor Treg adaptative, în timp ce producția contemporană de IL-6 contribuie la dezvoltarea celulelor Th17, dar inhibă celulele Treg. Dezvoltarea celulelor Th17 este, de asemenea, reglată negativ de IL-4 produsă de celulele Th2 și de IFN-gamma produsă de celulele Th1.