Craniul mai multor subclase și ordine variază în modul menționat mai jos. Pe lângă diferențele în ceea ce privește deschiderile de pe partea laterală a craniului și în ceea ce privește forma și dimensiunea generală, cele mai semnificative variații ale craniilor reptilelor sunt cele care afectează mișcările din interiorul craniului.

Ca grup, craniile reptiliene diferă de cele ale amfibienilor timpurii. Reptilelor le lipsește o crestătură otică (o adâncitură în partea din spate a craniului) și câteva oase mici în partea din spate a acoperișului craniului. Craniile reptilelor moderne sunt, de asemenea, puternic diferențiate de cele ale mamiferelor în multe privințe, dar cele mai clare diferențe apar la nivelul maxilarului inferior și al regiunilor adiacente. Reptilele au o serie de oase în maxilarul inferior, dintre care doar unul singur, dentarul, poartă dinți. În spatele dentarului, un os mic, articularul, formează o articulație cu osul cvadrat din apropierea părții din spate a craniului. În schimb, maxilarul inferior al unui mamifer este alcătuit dintr-un singur os, dentarul; articularul și cvadratumul au devenit parte a lanțului de oase mici din urechea mijlocie. O tranziție aproape completă între aceste două aranjamente foarte diferite este cunoscută din fosilele sinapsidelor timpurii (ordinul Therapsida).

Dentația majorității reptilelor prezintă puțină specializare într-un anumit rând de dinți. O dentiție care împarte grupurile de dinți în incisivi distinctivi de tip bladeliu, canini de tip colț și molari cu coroana plată apare la mamifere, dar nu apare la reptile. În schimb, întregul rând de dinți este alcătuit, de obicei, din dinți lungi și conici. Șerpii veninoși au unul sau mai mulți colți scobiți sau canelați, dar aceștia au aceeași formă ca majoritatea dinților de șarpe. Principalele diferențe între specii constau în numărul, lungimea și poziția dinților. Crocodilii, în rândul formelor vii, și dinozaurii, în rândul formelor dispărute, nu au decât un singur rând de dinți superiori și un singur rând de dinți inferiori. Șerpii și multe grupuri de reptile dispărute au dinți pe oasele palatine (vomer, palatin, pterigoid) și pe oasele maxilarului superior (premaxilar, maxilar). Cu toate acestea, doar un singur rând de dinți este prezent pe maxilarul inferior.

Șopârlele au dinți bicuspizi sau tricuspizi conici sau blăjori. Unele specii au dinți conici în partea din față a maxilarului și dinți cuspizi spre spate, dar aceștia din urmă nu sunt comparabili cu molarii mamiferelor nici ca formă, nici ca funcție. (Ei nu au coroana plată și nici nu sunt folosiți pentru a măcina hrana.) Țestoasele, cu excepția primelor specii dispărute, nu au dinți. În schimb, ele au plăci cornoase superioare și inferioare care servesc la mușcarea bucăților de hrană.

Dinții reptilelor sunt, de asemenea, mai puțin specializați în funcție decât dinții mamiferelor. Reptilele carnivore mai mari sunt echipate doar pentru a rupe sau mușca bucăți mari din prada lor și a le înghiți fără a le mesteca. Șopârlele insectivore, care constituie majoritatea șopârlelor, sparg, de obicei, exoscheletul prăzii lor insecte, iar apoi înghit prada fără să o macine. Șerpii pur și simplu își înghit prada întreagă, fără nici o reducere mecanică, deși rănile prin înțepare permit enzimelor digestive să pătrundă în pradă pentru a ajuta la digestie.

Multe reptile au dezvoltat articulații (în plus față de balama pentru maxilarul inferior) în interiorul craniului care permit mișcarea ușoară a unei părți în raport cu celelalte. Capacitatea unei astfel de mișcări în interiorul craniului, numită kinesis, permite unui animal să mărească deschiderea gurii și, astfel, este o adaptare pentru înghițirea obiectelor mari. Se pare că unii dintre dinozaurii theropode carnivori mari (cum ar fi Allosaurus) aveau o articulație între oasele frontale și parietale în partea superioară a craniului. Toate reptilele din superordinul Lepidosauria (șopârle, șerpi și tuatara) au cranii cinetice, dar se deosebesc de dinozauri prin faptul că articulația de pe podeaua craniului are loc la joncțiunea oaselor bazofenoid și pterigoid la lepidosaurieni.

C craniile lepidosaurienilor au devenit din ce în ce mai cinetice pe măsură ce au evoluat noi grupuri. Sphenodontia (care include tuatara vie ) și antecedentele lor, Rhynchocephalia, aveau doar articulația bazofenoidală-pterigoidală. Șopârlele au pierdut bara temporală inferioară, eliberând astfel osul cvadrat și permițând o mișcare mai mare a maxilarului inferior, care este articulat pe cvadrat. În cele din urmă, la șerpi, această tendință culminează în craniul cel mai cinetic dintre vertebrate. Craniile șerpilor posedă baza ancestralăarticulația fenoidală-pterigoidală, un cvadrat foarte mobil (care conferă o mobilitate și mai mare maxilarului inferior) și maxilare superioare capabile să se rotească pe axele lor longitudinale și să se deplaseze atât înainte, cât și înapoi. Multe specii de șerpi au, de asemenea, o balama pe acoperișul craniului, între oasele nazale și frontale, care permite ridicarea ușoară a botului. Pe scurt, singura parte a craniului unui șarpe incapabilă de mișcare este encefalul.

.