Valoarea logP a unui compus, care este logaritmul coeficientului său de partiție între n-octanol și apă log(coctanol/apă), este o măsură bine stabilită a hidrofilicității compusului. Hidrofilicitățile scăzute și, prin urmare, valorile logP ridicate determină o absorbție sau o permeabilitate slabă. S-a demonstrat că, pentru ca un compus să aibă o probabilitate rezonabilă de a fi bine absorbit, valoarea logP nu trebuie să fie mai mare de 5,0. Distribuția valorilor logP calculate pentru mai mult de 3 000 de medicamente de pe piață subliniază acest fapt (a se vedea diagrama)

Metoda noastră internă de calcul al logP este implementată ca un sistem de creștere care adaugă contribuțiile fiecărui atom în funcție de tipul de atom. În total, motorul de predicție cLogP distinge 368 de tipuri de atomi care sunt compuse din diverse proprietăți ale atomului însuși (nr. atomic și apartenența la inel), precum și ale vecinilor săi direcți (tipul de legătură, starea de aromaticitate și nr. atomic codificat). Mai mult de 5000 de compuși cu valori logP determinate experimental au fost utilizați ca set de antrenament pentru a optimiza valorile contribuției 369 asociate tipurilor de atomi. Graficul de corelație (a se vedea diagrama) arată valorile logP calculate față de valorile logP determinate experimental ale unui set de testare independent de peste 5000 de compuși, fiind diferite de cele din setul de antrenament.