Después de la Revolución cubana de 1959, Cuba restringió la práctica religiosa, esto llevó a la persecución de muchos católicos en universidades y en centros de trabajo. Mediante su constitución, el Gobierno reconoce el derecho de los ciudadanos a profesar y practicar cualquier creencia religiosa dentro del marco del respeto a la ley; sin embargo, en la práctica, el Gobierno impone restricciones a la libertad religiosa.

Al parecer algunos estudios intentaron vincular a las religiones afrocubanas con enfermedades mentales.La campaña para la erradicación de la discriminación racial en Cuba era (y es) utilizada como motivo para prohibir la creación de instituciones afrocubanas, porque hacerlo fue rotulado como una división racial.

La década de 1970 fue turbulenta, y muchos creyentes decidieron ocultar su fe en respuesta a la persecución del Estado. Muchos padres no deseaban una carga para sus hijos con las dificultades que ellos heredarían si eran bautizados como cristianos y por lo tanto no lo plantearon como tal. En 1971 la arquidiócesis de La Habana informó solo 7000 bautismosEn 1989, esta cifra aumentó a 27 609 y en 1991 a 33 569.

En 1985, el Consejo de Estado en La Habana publicó un libro muy vendido llamado Fidel y la religión, que fue la transcripción resumida de 23 horas de entrevistas entre Fidel Castro y un fraile brasileño de la teología de la liberación llamado Frei Betto, que fuera de la publicación atribuyó la responsabilidad de excluir a los no ateos de la afiliación al Partido Comunista por considerar que:

Lo que nosotros estábamos exigiendo era la adhesión plena al marxismo-leninismo… Se suponía que cualquier persona que se uniera al partido aceptaría la política del partido y de la doctrina en todos los aspectos.

En los años siguientes y tras el colapso de la Unión Soviética, el Estado adoptó una posición más conciliadora hacia la religión y disminuyó su promoción del ateísmo. En noviembre de 1991, el Partido Comunista comenzó a permitir a los creyentes en sus filas. En julio de 1992, la Constitución fue enmendada para quitar la definición de Cuba como un Estado basado en el marxismo-leninismo, y se añadió el artículo 42, que prohíbe la discriminación sobre la base de las creencias religiosas.Pequeños centros de culto fueron legalmente permitidos para existir nuevamente.

Sin embargo, principios de los 90, después de tres décadas de ateísmo de Estado, la sociedad cubana se había vuelto casi totalmente secularizada. La asistencia semanal a la iglesia en la isla de 11 millones de habitantes se estimaba en alrededor de 250.000 o alrededor del 2 % de la población (con una división incluso entre católicos y protestantes).Cuba tuvo menos sacerdotes por habitante que cualquier otro país de América Latina.

Desde 1998 las restricciones han sido aliviadas y los desafíos por las instituciones del Estado al derecho a la creencia también se aliviaron, aunque la iglesia todavía enfrenta restricciones de comunicación escrita y electrónica y sólo puede aceptar donaciones de fuentes de financiación aprobadas por el Estado. La Iglesia católica se compone de la Conferencia Obispos Católicos de Cuba (COCC), liderada por Jaime Lucas Ortega y Alamino, Cardenal Arzobispo de La Habana. Cuenta con once diócesis, 56 pedidos de monjas y 24 órdenes de sacerdotes.

La Conferencia Episcopal cubana ha sido muy crítica del embargo estadounidense contra Cuba y ha afirmado que toda la población ha sufrido de ella. La Conferencia de los Obispos Católicos de los Estados Unidos ha sido influenciada por esto y ha argumentado que la comida y la medicina deben excluirse el embargo.

En enero de 1998, el papa Juan Pablo II realizó una histórica visita a la isla, invitado por el Gobierno cubano y la Iglesia católica. Criticó el bloqueo estadounidense durante su visita.

El 20 de octubre de 2008, la primera iglesia ortodoxa en Cuba abrió durante una ceremonia oficial a la que asistió Raúl Castro.