La rama de las células T del sistema inmunitario puede responder a una variedad prácticamente infinita de antígenos exógenos, incluyendo así la posibilidad de reconocimiento de autoantígenos y de peligrosas reacciones autoinmunes. Por lo tanto, los mecanismos de regulación operan tanto durante la ontogenia dentro del timo como después del nacimiento en la periferia. El control de las células T autorreactivas se produce a través de un proceso de selección negativa que da lugar a la apoptosis de las células T que muestran una alta afinidad por los autopéptidos expresados a nivel tímico mediante la expresión génica promiscua. Las células T autorreactivas que escapan a la selección negativa son controladas en la periferia por otros mecanismos reguladores, siendo los más importantes las células T reguladoras (Treg) naturales Foxp3+. La regulación también es necesaria para controlar las respuestas excesivas de las células T efectoras contra antígenos exógenos, cuando se vuelven peligrosas para el organismo. Se han reconocido tres tipos de células T efectoras: Las células T helper 1 (Th1), que protegen contra las bacterias intracelulares; las células Th2, que desempeñan un cierto papel en la protección contra los nematodos, pero son responsables de las reacciones alérgicas; las células Th17, que son probablemente eficaces en la protección contra las bacterias extracelulares, pero también desempeñan un papel en la amplificación de los trastornos autoinmunes. Las respuestas efectoras Th anormales o excesivas están reguladas por diferentes mecanismos. La redirección o la desviación inmunitaria de las respuestas dominadas por Th1 o Th2 la proporcionan las citocinas producidas por los mismos tipos de células y por las quimiocinas de unión a CXCR3 CXCL4 y CXCL10. Además, tanto las respuestas Th1 como Th2 pueden ser suprimidas por las células Treg adaptativas a través de mecanismos dependientes del contacto y/o la producción de IL-10 y del factor de crecimiento transformante-beta (TGF-beta). Por último, el TGF-beta1 puede promover el desarrollo tanto de células Th17 efectoras como de células Treg adaptativas, mientras que la producción simultánea de IL-6 contribuye al desarrollo de células Th17, pero inhibe las células Treg. El desarrollo de las células Th17 también está regulado a la baja por la IL-4 producida por las células Th2 y por el IFN-gamma producido por las células Th1.