Apesar da falta de precipitação, a vegetação natural do Egipto é variada. Grande parte do deserto ocidental é totalmente desprovido de qualquer tipo de vida vegetal, mas onde existe alguma forma de água é encontrado o habitual crescimento desértico de plantas perenes e gramíneas; a faixa costeira tem uma rica vida vegetal na primavera. O Deserto Oriental recebe escassa precipitação, mas suporta uma vegetação variada que inclui tamargueira, acácia e markh (uma árvore sem folhas, sem espinhos, com ramos nus e galhos finos), bem como uma grande variedade de arbustos espinhosos, pequenos suculentos e ervas aromáticas. Este crescimento é ainda mais marcante nos wadis das Colinas do Mar Vermelho e do Sinai e nas montanhas ʿIlbah (Elba) no sudeste.
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Os canais e valas de irrigação do Nilo suportam muitas variedades de plantas aquáticas; o lótus da antiguidade encontra-se nos canais de drenagem do delta. Existem mais de 100 tipos de gramíneas, entre elas bambu e esparto (ḥalfāʾ), uma erva grosseira e longa que cresce perto da água. As robustas canas perenes como a cana espanhola e a cana comum estão amplamente distribuídas no Baixo Egipto, mas o papiro, cultivado na antiguidade, encontra-se agora apenas nos jardins botânicos.
A palmeira tâmara, tanto cultivada como subespontânea, encontra-se em todo o delta, no vale do Nilo, e nos oásis. A palmeira doum (Hyphaene thebaica; uma palmeira africana fã) é identificada particularmente com o Alto Egipto (a parte sul do vale do Nilo) e os oásis, embora existam exemplos dispersos por outros locais.
Existem muito poucas árvores nativas. O zimbro fenício é a única conífera nativa, embora existam várias espécies de coníferas cultivadas. A acácia é amplamente distribuída, assim como o eucalipto e o sicômoro. Várias espécies do gênero Casuarina (encomenda de madeira de corte), importadas no século XIX, são hoje as árvores de madeira mais importantes do país. Outras importações estrangeiras, como a jacarandá, a poinciana real (árvore com flores alaranjadas ou escarlate) e o Lebbek (Albizia lebbek; uma árvore leguminosa), tornaram-se uma característica da paisagem egípcia.
Os animais domésticos incluem búfalos, camelos, burros, ovelhas e cabras, os últimos dos quais são particularmente notáveis na paisagem rural egípcia. Os animais que figuram tão proeminentemente nos antigos frisos egípcios-hipopótamos, girafas e avestruzes já não existem no Egipto; os crocodilos encontram-se apenas a sul do Aswān Alto Açude. O maior animal selvagem é o aoudad (um tipo de ovelha barbuda), que sobrevive nas jejuns do sul do Deserto Ocidental. Outros animais do deserto são a gazela Dorcas, a fennec (uma pequena raposa deserta), o ibex núbio, a lebre egípcia e dois tipos de jerboa (um roedor mouselike com longas patas traseiras para saltar). O chacal egípcio (Canis lupaster) ainda existe, e o hyrax é encontrado nas montanhas do Sinai. Existem dois mamíferos carnívoros: o gato Caffre, um pequeno predador felino, e o icneumon, ou mangusto egípcio. Várias variedades de lagartos são encontradas, incluindo o monitor grande. As cobras venenosas incluem mais de uma espécie de víbora; a cobra salpicada é encontrada em todo o vale do Nilo e a cobra egípcia (Naje haje) em áreas agrícolas. Os escorpiões são comuns em regiões desérticas. Há numerosas espécies de roedores. Muitas variedades de insetos são encontradas, incluindo o gafanhoto.
Egipto é rico em aves. Muitas aves passam em grande número em suas migrações de primavera e outono; no total, há mais de 200 tipos migratórios a serem vistos, assim como mais de 150 aves residentes. O corvo de capuz é um residente familiar, e o papagaio preto é característico ao longo do vale do Nilo e em Al-Fayyūm. Entre as aves de rapina encontram-se o falcão lanner e o peneireiro. Lammergeiers e águias douradas vivem no Deserto Oriental e na Península do Sinai. O ibis sagrado (ave de bico longo associada ao antigo Egipto) já não é encontrado, mas a grande garça branca e a garça-branca aparecem no vale do Nilo e em Al-Fayyūm, tal como a ave de cacho (ave com uma crista eréctil em forma de leque). As aves residentes no deserto são uma categoria distinta, numerando cerca de 24 tipos.
O Nilo contém cerca de 190 variedades de peixes, sendo a mais comum bulṭī (Tilápia nilotica; um peixe de escamas grosseiras, com barbatanas espinhosas) e o perca do Nilo. Os lagos da costa do delta contêm principalmente būrī (tainha cinzenta). O lago Qārūn na província de Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) foi povoado com būrī e o lago Nasser com bulṭī, que cresce muito nas suas águas.