Uganda tem sofrido conflitos intermitentes desde a independência em 1962. Em 1967, o primeiro Primeiro Ministro, Dr. Milton Obote, derrubou o primeiro Presidente do país, Sir Edward Mutesa II, e declarou o Uganda uma república. Seguiram-se múltiplos golpes militares e regimes violentos – incluindo o de Idi Amin (1971-1979) – e desde então resultaram em centenas de milhares de mortos e no sofrimento prolongado dos ugandeses. 55 anos desde a independência, o país ainda não testemunhou uma transferência democrática do poder de um líder para outro.
O mais recente golpe, em 1986, trouxe ao poder o actual presidente Yoweri Museveni. Seu governo tem enfrentado oposição armada de diferentes grupos em todo o país. Através de uma ditadura e manipulação híbridas, Museveni tem mantido o manto de poder do país nos últimos 31 anos e contando com isso.
Desde os anos 90, o Uganda tem estado envolvido em várias guerras civis, sendo a mais prolongada uma guerra de 20 anos contra o Exército de Resistência do Senhor de Joseph Kony (LRA), cujo objectivo era estabelecer um Estado baseado nos Dez Mandamentos. O LRA tornou-se notoriamente infame pelo rapto de 60.000 crianças para servirem como crianças soldados e escravos sexuais.
Um período de estabilidade seguiu as conversações de paz de Juba de 2006- 2008, mas a violência foi logo retomada após uma ofensiva militar fracassada para exterminar o LRA nos seus esconderijos em Garamba, levando às suas actuais incursões na República Centro-Africana e partes da República Democrática do Congo.
Em 2005, os cinco principais líderes do LRA foram acusados de crimes de guerra e crimes contra a humanidade. A partir de 2017, apenas um comandante júnior, Dominic Ongwen, vai ser julgado no Tribunal Penal Internacional. No entanto, Kony continua em liberdade. A Força Tarefa Regional da União Africana, apoiada pelos EUA, empurrou o grupo de volta, anunciando a conclusão da sua missão em Maio de 2017. No entanto, alguns analistas afirmam que fragmentos ativos na CAR apontam para o potencial de ressurgimento.
Apesar dos compromissos anteriores com a democracia e os direitos humanos, Museveni também aboliu o seu limite de mandato. Suas múltiplas reeleições foram manchadas com acusações de fraude e violência eleitorais. Em 2016, o seu adversário, Dr. Kizza Besigye, e os seus apoiantes foram violentamente assediados pelas forças de segurança, agindo com aparente impunidade. A partir de setembro de 2017, Museveni embarcou em um movimento vigoroso no Parlamento para emendar o artigo 102 (b) da Constituição para remover os limites do mandato da presidência ugandesa e preparar o caminho para servir pelo resto da vida.
Um milhão de refugiados sudaneses também fugiram para Uganda da guerra civil, colocando mais pressão sobre o estado e a sociedade ugandesa.