Diagnosticada, a clamídia pode ser facilmente tratada e curada como descrito acima. A clamídia é uma séria ameaça à saúde, especialmente para as mulheres. Não tratada, a clamídia pode causar graves e caros problemas de saúde reprodutiva e outros problemas de saúde que incluem consequências a curto e longo prazo, incluindo a doença inflamatória pélvica (DIP), que é o elo crítico para a infertilidade, e a gravidez tubária potencialmente fatal. A DIP pode cicatrizar e bloquear as trompas de Falópio. Isso pode tornar uma mulher estéril e incapaz de engravidar. Os óvulos fertilizados podem não chegar ao útero porque as trompas estão bloqueadas. Se eles se desenvolverem nas trompas, isto é chamado de gravidez ectópica ou gravidez tubária. Uma mulher pode morrer se uma gravidez se desenvolver fora do útero. Ela normalmente precisa de uma cirurgia de emergência. As mulheres com DIP das trompas de Falópio têm 7-10 vezes mais probabilidades que outras mulheres de terem uma gravidez ectópica.

Chlamydia também pode tornar os homens estéreis. Pode espalhar-se da uretra para os testículos. Então pode resultar em uma condição chamada epididimite. A epididimite pode causar esterilidade. Os sintomas incluem febre assim como inchaço e um grau variável de dor no escroto.

Chlamydia também pode resultar em resultados adversos da gravidez, incluindo conjuntivite neonatal (infecções oculares nos recém-nascidos) e pneumonia. Além disso, pesquisas recentes mostraram que mulheres infectadas com clamídia têm um risco 3 – 5 vezes maior de adquirir o HIV, se expostas.