Após a Revolução Cubana de 1959, Cuba restringiu a prática religiosa, levando à perseguição de muitos católicos nas universidades e locais de trabalho. Através da sua constituição, o governo reconhece o direito dos cidadãos a professar e praticar qualquer crença religiosa dentro do quadro do respeito pela lei; contudo, na prática, o governo impõe restrições à liberdade religiosa.

Os estudos têm tentado ligar as religiões afro-cubanas a doenças mentais.A campanha para a erradicação da discriminação racial em Cuba foi (e é) usada como motivo para proibir a criação de instituições afro-cubanas, porque isso foi rotulado como racialmente divisivo.

Os anos 70 foram turbulentos, e muitos crentes decidiram esconder sua fé em resposta à perseguição do Estado. Muitos pais não queriam sobrecarregar seus filhos com as dificuldades que herdariam se fossem batizados como cristãos e, portanto, não o criaram como tal. Em 1971 a arquidiocese de Havana relatou apenas 7000 batismos. Em 1989, este número subiu para 27 609 e em 1991 para 33 569.

Em 1985, o Conselho de Estado de Havana publicou um livro best-seller chamado Fidel e a Religião, que foi a transcrição resumida de 23 horas de entrevistas entre Fidel Castro e um frade da teologia da libertação brasileira chamado Frei Betto, que fora da publicação reivindicou a responsabilidade de excluir os não-ateístas da filiação ao Partido Comunista, com o fundamento de que:

O que nós estávamos exigindo era total aderência ao marxismo-leninismo… Qualquer pessoa que aderisse ao partido deveria aceitar a política e a doutrina do partido em todos os aspectos.

Nos anos seguintes e após o colapso da União Soviética, o Estado adotou uma postura mais conciliadora em relação à religião e diminuiu sua promoção do ateísmo. Em Novembro de 1991, o Partido Comunista começou a permitir que os crentes entrassem nas suas fileiras. Em julho de 1992, a Constituição foi emendada para remover a definição de Cuba como um Estado baseado no marxismo-leninismo, e o Artigo 42 foi acrescentado, proibindo a discriminação com base na crença religiosa.

No entanto, no início dos anos 90, após três décadas de ateísmo estatal, a sociedade cubana tinha se tornado quase totalmente secularizada. A frequência semanal da igreja na ilha de 11 milhões foi estimada em cerca de 250.000 ou cerca de 2% da população (com uma divisão mesmo entre católicos e protestantes).Cuba tinha menos padres per capita do que qualquer outro país latino-americano.

Desde 1998 as restrições foram aliviadas e os desafios ao direito de crença também foram aliviados pelas instituições estatais, embora a igreja ainda enfrente restrições à comunicação escrita e eletrônica e só possa aceitar doações de fontes de financiamento aprovadas pelo Estado. A Igreja Católica é composta pela Conferência Episcopal Católica de Cuba (COCC), liderada por Jaime Lucas Ortega y Alamino, Cardeal Arcebispo de Havana. Tem onze dioceses, 56 ordens de monjas e 24 ordens de sacerdotes.

A Conferência Episcopal Cubana tem sido muito crítica ao embargo dos Estados Unidos contra Cuba e tem afirmado que toda a população tem sofrido com isso. A Conferência dos Bispos Católicos dos Estados Unidos foi influenciada por isso e argumentou que alimentos e remédios deveriam ser excluídos do embargo.

Em janeiro de 1998, o Papa João Paulo II fez uma visita histórica à ilha, a convite do governo cubano e da Igreja Católica. Ele criticou o bloqueio dos EUA durante sua visita.

Em 20 de outubro de 2008, a primeira igreja ortodoxa em Cuba foi inaugurada durante uma cerimônia oficial com a presença de Raúl Castro.