O ramo das células T do sistema imunitário pode responder a uma variedade virtualmente infinita de antigénios exógenos, incluindo assim a possibilidade de reconhecimento auto-antigéneo e perigosas reacções auto-imunes. Portanto, mecanismos reguladores operam tanto durante a ontogenia dentro do timo como após o nascimento na periferia. O controlo das células T auto-reactivas ocorre através de um processo de selecção negativa que resulta na apoptose das células T que mostram uma grande afinidade por autopeptídeos expressa a nível tímico através da expressão genética promíscua. As células T auto-reactivas que escapam à selecção negativa são controladas na periferia por outros mecanismos reguladores, sendo os mais importantes as células T reguladoras naturais de Foxp3+ T (Treg). A regulação também é necessária para controlar as respostas excessivas das células T efetoras contra antígenos exógenos, quando estes se tornam perigosos para o organismo. Foram reconhecidos três tipos de células efetoras T: células T helper 1 (Th1), que são protetoras contra bactérias intracelulares; células Th2, que desempenham algum papel na proteção contra nematódeos, mas são responsáveis por reações alérgicas; células Th17, que são provavelmente eficazes na proteção contra bactérias extracelulares, mas também desempenham um papel na amplificação de doenças auto-imunes. As respostas anormais ou excessivas do Th effector são reguladas por diferentes mecanismos. O redirecionamento ou desvio imunológico das respostas dominadas por Th1 ou Th2 é fornecido pelas citocinas produzidas pelos mesmos tipos celulares e pelas quimiocinas de ligação CXCR3 CXCL4 e CXCL10. Além disso, tanto as respostas Th1 como Th2 podem ser suprimidas pelas células Treg adaptativas através de mecanismos dependentes de contato e/ou da produção de IL-10 e fator de crescimento transformador-beta (TGF-beta). Finalmente, o TGF-beta1 pode promover o desenvolvimento tanto de células TGF-beta como de células Treg adaptativas, enquanto a produção contemporânea de IL-6 contribui para o desenvolvimento de células Th17, mas inibe as células Treg. O desenvolvimento de células Th17 também é regulado pela IL-4 produzida por células Th2 e pelo IFN-gama produzido por células Th1.