O primeiro grande movimento milenar depois das primeiras comunidades cristãs foi o Montanismo. Montanus, seu fundador, procurou restaurar o entusiasmo do período primitivo da igreja. O movimento de Montanus começou por volta de 172 d.C. Ele esperava que o Senhor retornasse a Pepuza e Tymion, duas pequenas cidades na Ásia Menor. A Nova Jerusalém logo desceria à terra e o reinado de mil anos de Cristo começaria. Montanus encorajou seus seguidores a viver em estrita ascese para se preparar para esta Segunda Vinda. A igreja voltou-se contra Montano porque o milenarismo não era central na doutrina cristã e porque a profecia extática e a interpretação privada minavam a disciplina da igreja.
Santo Agostinho de Hipona (354-430) efetivamente fechou a porta à especulação milenar por séculos, escrevendo contra o tipo de interpretação literal das Escrituras que prometia um paraíso físico na terra. Mas no início da Idade Média Joachim de Fiore (1130 ou 1135-1201 ou 1202) reabriu a porta para muitos movimentos apocalípticos e de renovação, como os Franciscanos Espirituais e os Fraticelli. Joachim acreditava que sua própria era estava em crise e pregava que o arbítrio humano contribuiria para levar a igreja à fase final da história, a era do Espírito Santo.
Em muitos casos as esperanças e expectativas milenares se entrelaçaram com as aspirações políticas e sociais e resultaram em uma mistura violenta – especialmente quando os esforços de reforma, bloqueados pela rígida igreja e autoridades seculares, se tornaram radicais e extremos. Tal situação ocorreu, por exemplo, no século XV na Boêmia e Morávia, quando o movimento de reforma Hussite, misturado com sentimentos nacionalistas e tensões sociais, tornou-se a Revolução Hussite, que, por sua vez, gerou o movimento milenar radical dos Taboritas. Usando imagens religiosas e crenças milenaristas, os Taboritas criaram uma sociedade milenar de curta duração que lutou violentamente contra as forças enviadas para esmagá-la.
No século XVI, as reformas luteranas na Alemanha desencadearam um sentimento de libertação, bem como de desorientação em meio a mudanças sociais e religiosas. Assim como Martinho Lutero usou imagens apocalípticas para retratar o papa como o Anticristo, Thomas Müntzer retratou Lutero como a Besta do Apocalipse porque Lutero estava contrariando os esforços reformistas de Müntzer. Müntzer se comprometeu com a revolução social e religiosa, acreditando que quem se opôs a este processo dos últimos dias deve ser violentamente aniquilado. Grupos anabaptistas canalizaram as esperanças de reforma para os esforços de estabelecer uma nova era de ouro. Alguns grupos pregaram um não-violento esperando o fim dos tempos, enquanto outros segmentos desenvolveram um milenarismo fanático como autoridades que se opunham a eles. Em Münster os Anabatistas criaram o novo Reino de Sião, que chegou a um fim violento e sangrento em 1535.
No final do século XVI e no início do XVII, as condições políticas e religiosas na Inglaterra provocaram uma onda de interesse e excitação milenar. Os puritanos ingleses interpretaram cada vez mais as profecias bíblicas sobre calamidades e a Segunda Vinda como referindo-se a situações contemporâneas. Homens instruídos tentaram decifrar das Escrituras a data em que o fim do mundo poderia chegar. Os mais radicais dos milenários ingleses eram conhecidos como os Homens da Quinta Monarquia (da visão narrada no Livro de Daniel, capítulo 7). No início do século XVIII, os Camisardos franceses ou “Profetas Franceses” procuraram do rei católico alguma tolerância para com a sua cultura e práticas protestantes. Os Camisardos acreditavam que seus sofrimentos faziam parte do plano de Deus para a chegada do milênio. Os profetas leigos, incluindo muitas crianças, em meio a manifestações físicas de tremores e convulsões, revelaram que o Dia do Julgamento logo se aproximava, que o reinado da Besta do Apocalipse terminaria em breve.