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O governo Azhari suspendeu temporariamente o progresso para a autodeterminação do Sudão, na esperança de promover a unidade com o Egipto. Embora o seu NUP pró-Egípcio tivesse ganho a maioria nas eleições parlamentares de 1953, a Azhari percebeu que a opinião popular se tinha virado contra a união com o Egipto. Como resultado, Azhari, que tinha sido o principal porta-voz para a “unidade do Vale do Nilo”, inverteu a posição do NUP e apoiou a independência do Sudão. A 19 de Dezembro de 1955, o parlamento sudanês, sob a liderança da Azhari, adoptou por unanimidade uma declaração de independência; a 1 de Janeiro de 1956, o Sudão tornou-se uma república independente. A Azhari apelou à retirada das tropas estrangeiras e solicitou aos poderes condominiais que patrocinassem um plebiscito antes da data prevista.
A Política de Independência
Sudan alcançou a independência sem que os partidos políticos rivais tivessem acordado na forma e conteúdo de uma constituição permanente. Em vez disso, a Assembleia Constituinte adoptou um documento conhecido como Constituição Transitória, que substituiu o governador-geral como chefe de Estado por uma Comissão Suprema de cinco membros que foi eleita por um parlamento composto por um Senado eleito indirectamente e uma Câmara dos Representantes popularmente eleita. A Constituição Transitória também atribuiu poder executivo ao primeiro-ministro, que foi nomeado pela Câmara dos Deputados e confirmado no cargo pela Comissão Suprema.
Embora tenha alcançado a independência sem conflitos, o Sudão herdou muitos problemas do condomínio. Entre estes, o principal era o estatuto da função pública. O governo colocou sudaneses na administração e providenciou compensações e pensões para os oficiais britânicos do Serviço Político Sudanês que deixaram o país; reteve aqueles que não puderam ser substituídos, na sua maioria técnicos e professores. Khartoum conseguiu esta transformação rapidamente e com um mínimo de turbulência, embora os sulistas se ressentissem da substituição dos administradores britânicos no sul por sudaneses do norte. Para promover seus interesses, muitos líderes do sul concentraram seus esforços em Khartoum, onde esperavam ganhar concessões constitucionais. Embora determinados a resistir ao que consideravam ser o imperialismo árabe, opuseram-se à violência. A maioria dos representantes do sul apoiaram a autonomia provincial e advertiram que o fracasso em ganhar concessões legais levaria o sul à rebelião.
O regime parlamentar introduziu planos para expandir os setores educacional, econômico e de transporte do país. Para alcançar estes objectivos, Cartum precisou de assistência económica e técnica estrangeira, com a qual os Estados Unidos se comprometeram desde o início. As conversações entre os dois governos tinham começado em meados de 1957, e o parlamento ratificou um acordo de ajuda dos Estados Unidos em julho de 1958. Washington esperava que esse acordo reduzisse a dependência excessiva do Sudão de uma economia de uma só cultura (algodão) e facilitasse o desenvolvimento da infra-estrutura de transportes e comunicações do país.
O primeiro-ministro formou um governo de coligação em Fevereiro de 1956, mas alienou o Khatmiyyah ao apoiar políticas governamentais cada vez mais seculares. Em junho alguns membros da Khatmiyyah que haviam desertado do NUP estabeleceram o Partido Democrata Popular (PDP) sob a liderança de Mirghani. O Umma e o PDP juntaram-se no parlamento para derrubar o governo Azhari. Com o apoio dos dois partidos e o apoio do Ansar e do Khatmiyyah, Abd Allah Khalil formou um governo de coligação.
As questões mais importantes com que o governo de coligação de Khalil se defrontou foram a obtenção de um acordo sobre uma constituição permanente, a estabilização do sul, o encorajamento do desenvolvimento económico e a melhoria das relações com o Egipto. As tensões dentro da coalizão Umma-PDP dificultaram a capacidade do governo de progredir nessas questões. A Umma, por exemplo, queria que a constituição proposta instituísse uma forma de governo presidencial com base no pressuposto de que Abd ar Rahman al Mahdi seria eleito o primeiro presidente. Faltava consenso sobre o futuro económico do país. Uma colheita de algodão pobre seguiu-se à colheita do algodão de 1957, que o Sudão não tinha conseguido vender a um bom preço num mercado saturado. Essa queda esgotou as reservas do Sudão e causou agitação por causa das restrições econômicas impostas pelo governo. Para superar estes problemas e financiar futuros projectos de desenvolvimento, a Umma apelou a uma maior dependência da ajuda externa. O PDP, contudo, opôs-se a esta estratégia porque ela promovia uma influência estrangeira inaceitável no Sudão. A filosofia do PDP reflectia o nacionalismo árabe defendido por Gamal Abdul Nasser, que tinha substituído o líder egípcio Naguib em 1954. Apesar destas diferenças políticas, a coligação Umma-PDP durou o resto do ano de mandato do parlamento. Além disso, após o encerramento do parlamento, os dois partidos prometeram manter uma frente comum para as eleições de 1958.
O eleitorado deu uma pluralidade em ambas as casas à Umma e uma maioria geral à coalizão Umma-PDP. O NUP, no entanto, ganhou quase um quarto das cadeiras, em grande parte dos centros urbanos e dos trabalhadores agrícolas do Esquema Gezira. No sul, a votação representou uma rejeição dos homens que haviam cooperado com o governo – eleitores derrotaram os três sulistas no gabinete pré-eleitoral – e uma vitória dos defensores da autonomia dentro de um sistema federal. O ressentimento contra a tomada de escolas missionárias pelo governo e contra as medidas utilizadas para suprimir o motim de 1955 contribuiu para a eleição de vários candidatos que haviam sido implicados na rebelião.
Após a convocação do novo parlamento, Khalil novamente formou um governo de coalizão Umma-PDP. Infelizmente, o facciosismo, a corrupção e a fraude eleitoral dominaram as deliberações parlamentares numa altura em que o país precisava de uma acção decisiva no que diz respeito à constituição proposta e ao futuro do Sul. Como resultado, a coalizão Umma-PDP não conseguiu exercer uma liderança efetiva.
Outra questão que dividiu o parlamento dizia respeito às relações entre os Estados Unidos e o Sudão. Em março de 1958, Khalil assinou um acordo de assistência técnica com os Estados Unidos. Quando apresentou o pacto ao parlamento para ratificação, descobriu que o NUP queria usar a questão para derrotar a coligação Umma-PDP e que muitos delegados do PDP se opunham ao acordo. No entanto, a Umma, com o apoio de alguns delegados do PDP e do Sul, conseguiu obter a aprovação do acordo.
Faccionalismo e suborno no parlamento, juntamente com a incapacidade do governo de resolver os muitos problemas sociais, políticos e económicos do Sudão, aumentou a desilusão popular com o governo democrático. Queixas específicas incluíram a decisão de Khartoum de vender algodão a um preço acima dos preços do mercado mundial. Esta política resultou em baixas vendas de algodão, a mercadoria da qual o Sudão derivou a maior parte de sua renda. As restrições às importações impostas para tirar a pressão das reservas cambiais esgotadas causaram consternação entre os habitantes das cidades que se tinham habituado a comprar bens estrangeiros. Além disso, os nortenhos rurais também sofreram um embargo que o Egipto impôs às importações de gado, camelos, e datas do Sudão. O crescente descontentamento popular causou muitas manifestações antigovernamentais em Khartoum. O Egito também criticou Khalil e sugeriu que poderia apoiar um golpe contra o seu governo. Entretanto, circularam relatos em Cartum que a Umma e o NUP estavam quase de acordo sobre uma nova coligação que excluiria o PDP e Khalil.
No dia 17 de novembro de 1958, dia em que o parlamento deveria se reunir, ocorreu um golpe militar. Khalil, ele próprio um general reformado do exército, planeou o golpe preventivo em conjunto com os principais membros da Umma e os dois generais superiores do exército, Ibrahim Abbud e Ahmad Abd al Wahab, que se tornaram líderes do regime militar. Abbud comprometeu-se imediatamente a resolver todas as disputas com o Egipto, incluindo o problema de longa data do estatuto do rio Nilo. Abbud abandonou as políticas irrealistas do governo anterior em relação à venda do algodão. Ele também nomeou uma comissão constitucional, chefiada pelo presidente do Supremo Tribunal, para redigir uma constituição permanente. Abbud manteve, contudo, que os partidos políticos só serviam como veículos para ambições pessoais e que não seriam restabelecidos quando o governo civil fosse restaurado.