Fungus gnats na família Sciaridae podem ser pragas. São tipicamente inofensivos às plantas saudáveis – e aos seres humanos – mas podem infligir danos extensos às plântulas; a sua presença pode indicar problemas mais graves. Nas plantas domésticas, a presença de ciárides pode indicar excesso de água; elas podem estar se alimentando de raízes que foram imersas em água por muito tempo e, portanto, estão apodrecendo, ou os mosquitos podem ser atraídos por fungos que crescem no solo saturado. Consequentemente, permitir que o solo seque pode reduzir o seu número. As pragas são por vezes também controladas colocando uma camada de areia ou uma cobertura morta no solo em redor das plantas; introduzindo ácaros Hypoaspis miles mites ou aplicando o larvicida biológico Bacillus thuringiensis (var. israelensis) para matar as larvas de mosquitos; encharcando o solo anualmente num sabão insecticida. O peróxido de hidrogênio pode ser misturado com água e usado para matar larvas de mosquito fungo em solo infectado com uma mistura de uma parte 3% de peróxido de hidrogênio misturado com quatro partes de água, depois aplicado no solo. Os adultos podem ser presos com armadilhas adesivas feitas de cartão amarelo ou papel pesado revestido com um adesivo, uma vez que os adultos são atraídos pela cor amarela.

Desde que os mosquitos são panfletos fracos, podem ser usadas armadilhas em leque, bem como outros dispositivos para matar moscas, para ajudar a controlar os mosquitos que voam livremente, especialmente dentro de casa. Existem vários métodos tóxicos e não tóxicos para controlar os ciáridos e suas larvas, incluindo nematódeos, terra de diatomáceas ou canela em pó.

Estufas comerciais tipicamente empregam o diflubenzurão regulador de crescimento de insectos para controlar os mosquitos gnats e suas larvas. É aplicado em solo infectado e mata as larvas de mosquito fungo durante 30-60 dias a partir de uma única aplicação. Seu mecanismo de ação é interferir com a produção e deposição de quitina e também desencadeia a formação precoce de larvas de insetos sem um exoesqueleto devidamente formado, resultando na morte das larvas. Embora seja direccionada para as larvas de mosquitos-fúngicos, deve ter-se cuidado na sua aplicação pois é altamente tóxica para os invertebrados aquáticos. O diflubenzurão normalmente não tem efeito tóxico em adultos; apenas as larvas são afectadas.