Patogénese: A maioria das espécies não são patógenos significativos e causam pouca ou nenhuma doença. Algumas espécies, contudo, são altamente patogénicas e causam enterite catarral ou hemorrágica por erosão severa das mucosas através da lise celular resultando em diarreia hídrica a sanguínea profusa. A doença clínica geralmente não se manifesta até ao dano cumulativo dos tecidos associado à esquizogonia de segunda ou terceira geração. Os animais moderadamente afetados podem apresentar sinais progressivos, como ganho ou perda de peso, fraqueza e emaciação, enquanto os indivíduos severamente afetados podem morrer logo após o aparecimento da doença. A patogenicidade depende de muitos factores; tais como espécies parasitárias, viabilidade, infecciosidade, virulência, tropismo, idade do hospedeiro, estado nutricional, competência imunológica, assim como as condições ambientais prevalecentes (temperatura, humidade) e as práticas de maneio. Os animais jovens são mais susceptíveis a doenças clínicas, embora os sobreviventes desenvolvam uma forte imunidade protetora específica contra infecções e doenças subseqüentes.

Modo de transmissão: Os oocistos excretados com fezes do hospedeiro contaminam o ambiente externo, mas devem ser submetidos a esporos internos (formação de esporozoite) antes de se tornarem infecciosos. Novos hospedeiros são infectados quando ingerem oocistos esporulados contaminando os alimentos ou as reservas de água (transmissão fecal-oral). Após a ingestão, os oocistos e esporocistos excitem nos intestinos liberando seus esporozóitos contidos que invadem as células hospedeiras para iniciar a merogonia. Os estímulos de excitação incluem condições físico-químicas pós-gástricas apropriadas, tais como níveis de oxigênio, pH, sais biliares, enzimas pancreáticas, etc.

Diagnóstico diferencial: Os sinais clínicos geralmente coincidem com a patência do parasita (período de patente = período durante o qual os oocistos são produzidos). As infecções são geralmente diagnosticadas através do exame coprológico das fezes do hospedeiro para oocistos coccidiais (concentrados usando várias técnicas de sedimentação-flutuação). Os oocistos não manchados são melhor observados por microscopia de luz usando iluminação transmitida subótima (ferida condensadora para introduzir difração), contraste de fase ou óptica de contraste de interferência. Amostras de fezes frescas podem conter apenas oocistos não esporulados, portanto o diagnóstico diferencial específico pode, em algum momento, requerer armazenamento a curto prazo para facilitar a esporulação (2% de dicromato de potássio é frequentemente utilizado para suprimir a microflora durante o armazenamento, mas não para espécies piscine, e a refrigeração pode retardar o processo se assim for necessário para amostras de campo). Os pesquisadores têm usado recentemente uma gama de técnicas moleculares para caracterizar a variação genética entre e dentro das espécies parasitárias, mas poucas técnicas são adequadas para uso diagnóstico de rotina.

Tratamento e controle: A progressão da doença é geralmente tão rápida que qualquer tratamento terapêutico (curativo) pode ser simplesmente demasiado tarde. Por esta razão, a medicação contínua na alimentação ou na água é frequentemente usada para tratamento profilático (preventivo) em muitas indústrias animais intensivas. Uma ampla gama de medicamentos está disponível, incluindo aqueles com atividade coccidioestática (supressão reversível) ou atividade coccidio-cida (letal irreversível). Os principais grupos de medicamentos incluem sulfonamidas (sulfanilamida, trimetoprim, etopabato), piridinoles (clopidol, decoquinato), nitrobenzamidas (zoaleno), arsênicos orgânicos (roxarsona), nitrofuranos (furazolidona), amprolium), quinazolinonas (halofuginona), antibióticos ionóforos de poliéter (monensina, laslocida, salinomicina, narasina), triazolinonas assimétricas (diclazuril) e simétricas (toltrazuril). Lamentavelmente, há problemas crescentes de resistência às drogas entre muitas espécies coccidianas, especialmente contra as drogas sintéticas que tendem a persistir dentro das populações de parasitas. Muitas indústrias recomendam a rotação periódica entre diferentes grupos de drogas e o uso de drogas combinadas (coquetel) para minimizar a ocorrência de resistência. A maioria das infecções coccidianas estimulam o desenvolvimento de fortes respostas imunológicas protetoras, embora transitórias, a menos que sejam premunitivas (de curta duração, a menos que os parasitas persistam). Tem havido sucesso considerável com o controle através da imunoprofilaxia usando cepas atenuadas ou precoces de parasitas, particularmente na indústria avícola. Os pesquisadores estão agora tentando desenvolver vacinas subcelulares recombinantes. Os surtos podem geralmente ser controlados por práticas de manejo baseadas na melhoria da higiene, redução do apinhamento, remoção de cama contaminada e isolamento de indivíduos infectados. A desinfecção química é geralmente impraticável uma vez que os oocistos são resistentes a muitos desinfectantes convencionais.