Os crânios das várias subclasses e ordens variam nas formas mencionadas abaixo. Além das diferenças nas aberturas na lateral do crânio e na forma e tamanho em geral, as variações mais significativas nos crânios répteis são as que afetam os movimentos dentro do crânio.

Como um grupo, os crânios reptilianos diferem dos dos anfíbios primitivos. Aos répteis falta um entalhe otico (uma reentrância na parte posterior do crânio) e vários ossos pequenos na parte posterior do telhado do crânio. Os crânios dos répteis modernos também são nitidamente afastados dos dos mamíferos de muitas maneiras, mas as diferenças mais claras ocorrem na mandíbula inferior e nas regiões adjacentes. Os répteis têm uma série de ossos no maxilar inferior, dos quais apenas um, o dentinário, tem dentes. Atrás da dentadura, um pequeno osso, o articular, forma uma articulação com o osso quadrático perto da parte posterior do crânio. Em contraste, o maxilar inferior de um mamífero é constituído por um único osso, o dentário; o articular e o quadrático tornaram-se parte da cadeia de ossos pequenos no ouvido médio. Uma transição quase completa entre estes dois arranjos muito diferentes é conhecida a partir de fósseis de sinapsídeos precoces (ordem Therapsida).

A dentição da maioria dos répteis mostra pouca especialização em uma determinada fileira de dentes. Uma dentição que divide grupos de dentes em incisivos distintos, caninos em forma de bolota e molares de coroa lisa ocorre em mamíferos, mas não ocorre em répteis. Em vez disso, toda a fila dentária é normalmente constituída por dentes cónicos longos. As cobras venenosas têm uma ou várias presas ocas ou ranhuradas, mas têm a mesma forma que a maioria dos dentes das cobras. As principais diferenças entre as espécies residem no número, comprimento e posição dos dentes. Crocodilos entre as formas vivas e dinossauros entre as formas extintas têm apenas uma única fileira de dentes superiores e uma única fileira de dentes inferiores. Serpentes e muitos grupos de répteis extintos têm dentes nos ossos palatinos (vômer, palatino, pterigóides) e nos ossos do maxilar superior (premaxila, maxila). No entanto, apenas uma fila de dentes está presente no maxilar inferior.

Os lagartos têm dentes bicúspide ou tricúspide cónicos ou bládio. Algumas espécies possuem dentes cônicos na parte frontal dos maxilares e dentes cúspides na parte posterior, mas estes últimos não são comparáveis aos molares dos mamíferos, nem na forma nem na função. (Não são de coroa lisa nem usadas para moer alimentos.) As tartarugas, exceto as mais antigas espécies extintas, não têm dentes. Ao invés disso, elas têm placas córneas superiores e inferiores que servem para morder pedaços de alimento.

Os dentes dos répteis também são menos especializados em função do que os dentes dos mamíferos. Os répteis carnívoros maiores são equipados apenas para arrancar ou morder grandes pedaços de suas presas e engoli-los sem mastigar. Os lagartos insectívoros, que constituem a maioria dos lagartos, geralmente racham o exoesqueleto da sua presa, e depois engolem a presa sem a moer. As cobras simplesmente engolem a presa inteira sem qualquer redução mecânica, embora as feridas perfurantes permitam a entrada de enzimas digestivas para auxiliar a digestão.

Muitos répteis desenvolveram articulações (além da dobradiça para o maxilar inferior) dentro do crânio que permitem o ligeiro movimento de uma parte em relação a outras. A capacidade para tal movimento dentro do crânio, chamada cinese, permite que um animal aumente a marcha da boca e, portanto, é uma adaptação para engolir objetos grandes. Aparentemente alguns dos grandes dinossauros carnívoros terópodes (como o Alossauro) tinham uma articulação entre os ossos frontal e parietal no teto do crânio. Todos os répteis da super ordem Lepidossaúria (lagartos, cobras e tuatara) têm crânios cinéticos, mas eles diferem dos dinossauros em que a articulação no chão do crânio ocorre na junção dos ossos da base esfenoide e pterigóides nos lepidossauros.

Os crânios dos lepidossauros tornaram-se cada vez mais cinéticos à medida que novos grupos evoluíam. Os esfenodontia (que incluem tuatara viva) e seus antecedentes, os Rhynchocephalia, tinham apenas a articulação base esfenoidal-pterigóidea. Os lagartos perderam a barra temporal inferior, libertando assim o osso quadrático e permitindo um maior movimento para o maxilar inferior, que está articulado ao quadrático. Finalmente, nas serpentes, esta tendência culmina no crânio mais cinético entre os vertebrados. Os crânios das serpentes possuem a ancestral articulação base feno-pterigóide-pterigóidea, um quadrado altamente móvel (que dá ainda maior mobilidade ao maxilar inferior) e maxilares superiores capazes de rodar nos seus eixos longitudinais e de se deslocar tanto para a frente como para trás. Muitas espécies de cobras também têm uma dobradiça no teto do crânio entre os ossos nasais e frontais que permite que o focinho seja ligeiramente levantado. Em resumo, a única parte do crânio de uma serpente incapaz de se mover é a base do crânio.