Embora os roedores hospedem frequentemente ectoparasitas que podem vetorizar doenças zoonóticas, muitas vezes pouco se sabe sobre as suas comunidades ectoparasitas, mesmo em locais onde os hospedeiros frequentemente interagem com humanos. O Parque Nacional de Yosemite é uma área de alta interação humano-vida selvagem e de alto potencial de transferência de doenças zoonóticas. No entanto, relativamente poucos estudos têm pesquisado as comunidades de pulgas em hospedeiros de mamíferos nesta área, e ainda menos têm caracterizado os fatores ambientais e de hospedeiro que predizem a infestação. Concentrámo-nos em duas espécies, o esquilo alpino (Tamias alpinus) e o esquilo lodgepole (T. speciosus), que habitam Yosemite e áreas circundantes e podem albergar pulgas que transmitem essa praga vectorial. Como esses hospedeiros estão exibindo respostas diferenciadas às mudanças ambientais, é valioso estabelecer linhas de base para suas comunidades de pulgas antes que mais mudanças ocorram. Nós pesquisamos pulgas nesses hospedeiros de esquilos durante três anos (2013-2015), inclusive no ano de uma epizootia de peste (2015), e documentamos diferenças significativas entre os hospedeiros nas comunidades de pulgas e mudanças ao longo dos anos. A abundância de pulgas foi associada a características do hospedeiro, incluindo sexo e níveis metabólicos de glucocorticóides fecais. O número médio de pulgas por indivíduo e a proporção de indivíduos portadores de pulgas aumentou ao longo dos anos para T. speciosus, mas não para T. alpinus. Para melhor compreender estes padrões, construímos modelos para identificar preditores ambientais da abundância de pulgas para as duas espécies mais comuns, Ceratophyllus ciliatus mononis e Eumolpianus eumolpi. Os resultados mostraram diferenças dependentes do hospedeiro nos preditores ambientais da abundância de pulgas para E. eumolpi e C. ciliatus mononis, com ligações notáveis à variação e elevação da temperatura ambiente. Estes resultados fornecem uma visão dos factores que afectam a abundância de pulgas em duas espécies de esquilos, que podem estar ligados às mudanças climáticas e às possíveis epizootias futuras da peste.