Uganda cierpi z powodu przerywanego konfliktu od czasu uzyskania niepodległości w 1962 roku. W 1967 r. pierwszy premier, dr Milton Obote, obalił pierwszego prezydenta kraju, sir Edwarda Mutesę II, i ogłosił Ugandę republiką. Następnie miały miejsce liczne wojskowe zamachy stanu i brutalne reżimy – w tym Idi Amina (1971-1979) – które od tamtej pory spowodowały śmierć setek tysięcy osób i długotrwałe cierpienie Ugandyjczyków. 55 lat od uzyskania niepodległości kraj ten nie był jeszcze świadkiem demokratycznego przekazania władzy przez jednego przywódcę drugiemu.

Ostatni zamach stanu, w 1986 roku, wyniósł do władzy obecnego prezydenta Yoweriego Museveniego. Jego rząd stanął w obliczu zbrojnej opozycji ze strony różnych grup w całym kraju. Poprzez hybrydową dyktaturę i manipulację Museveni trzyma się kurczowo płaszcza władzy w kraju od 31 lat.
Od lat 90. Uganda jest zaangażowana w szereg wojen domowych, z których najbardziej długotrwała to trwająca 20 lat wojna z Armią Oporu Pana Josepha Kony’ego (LRA), której celem było ustanowienie państwa opartego na dziesięciu przykazaniach. LRA okryła się złą sławą z powodu uprowadzenia 60 000 dzieci, które miały służyć jako dzieci-żołnierze i niewolnicy seksualni.

Okres stabilności nastąpił po rozmowach pokojowych w Dżubie w latach 2006-2008, ale przemoc wkrótce powróciła po nieudanej ofensywie wojskowej mającej na celu zlikwidowanie LRA w ich kryjówkach w Garambie, co doprowadziło do jej obecnych inwazji w Republice Środkowoafrykańskiej i częściach Demokratycznej Republiki Konga.

W 2005 r. pięciu głównych przywódców LRA zostało oskarżonych o zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko ludzkości. Według stanu na rok 2017 tylko jeden młodszy dowódca, Dominic Ongwen, stoi przed Międzynarodowym Trybunałem Karnym. Kony pozostaje jednak na wolności. Wspierane przez USA Regionalne Siły Zadaniowe Unii Afrykańskiej odepchnęły grupę, ogłaszając zakończenie swojej misji w maju 2017 roku. Niektórzy analitycy twierdzą jednak, że aktywne odłamy w RCA wskazują na potencjał odrodzenia.

Pomimo wcześniejszych zobowiązań do demokracji i praw człowieka, Museveni zniósł również limit kadencji. Jego wielokrotne reelekcje były naznaczone oskarżeniami o oszustwa wyborcze i przemoc. W 2016 r. jego przeciwnik, dr Kizza Besigye, i jego zwolennicy byli brutalnie nękani przez siły bezpieczeństwa, działające pozornie bezkarnie. Od września 2017 roku Museveni rozpoczął siłowy ruch w parlamencie w celu zmiany artykułu 102 (b) konstytucji, aby usunąć limity kadencji ugandyjskiej prezydentury i utorować drogę do dożywotniego sprawowania urzędu.

Jeden milion sudańskich uchodźców również uciekł do Ugandy z wojny domowej, wywierając dalszą presję na ugandyjskie państwo i społeczeństwo.

.