Informacje kliniczne
Analiza mikromacierzy chromosomalnych (array comparative genomic hybridization,aCGH) jest przydatna do wykrywania klinicznie istotnych nieprawidłowości kopiowania numerów u pacjentów z cechami fenotypowymi sugerującymi wrodzone rearanżacje chromosomów. Badanie mikromacierzy pozwala na badanie całego genomu w bardzo wysokiej rozdzielczości i jest obecnie zalecane przez American College of MedicalGenetics jako badanie pierwszego rzędu dla niektórych pacjentów.
Część SNP (polimorfizm pojedynczego nukleotydu) mikromacierzy pozwala na wykrycie regionów z brakiem heterozygotyczności (AOH). Długie ciągłe odcinki wykazujące AOH wskazują na wyniki o potencjalnym znaczeniu klinicznym związane z dwiema klasami zaburzeń:
- Zaburzenia obejmujące regiony genomowe z nadrukiem (powstałe w wyniku disomii uniparentalnej lub UPD) oraz
- Zaburzenia recesywne (powstałe w wyniku UPD lub identyfikacji przez potomstwo).
Mikromacierz SNP może dawać wyniki zgodne z pokrewieństwem (tj. rodzice są blisko spokrewnieni). Poradnictwo przedtestowe powinno dotyczyć tej kwestii. Obecnie stosowaną platformą jest rozwiązanieCytoScanHD (produkowane przez firmę Affymetrix). SystemCytoScan HD opiera się na niezależnej analizie dwóch rodzajów markerów molekularnych: 1,7 mln sond oligonukleotydowych oraz750 tys. sond SNP. Sondy oligonukleotydowe pokrywają wszystkie regiony, o których wiadomo, że są zaangażowane w nieprawidłowości cytogenetyczne, w tym ponad 255 rozpoznanych zespołów genetycznych, ponad 980 regionów genów o znaczeniu funkcjonalnym w rozwoju człowieka, regiony pericentromeryczne i subtelomery.
Sondy SNP mają średni odstęp ~49 kb. Odstęp ten pozwala na wykrycie AOH z efektywną rozdzielczością około 5-10 Mb w całym genomie.
Analiza fluorescencyjna in situ (FISH) może być przeprowadzona w celu wykonania badań uzupełniających, jeśli uzna się to za stosowne. Dodatkowo, w niektórych przypadkach może być konieczne badanie rodziców w celu wyjaśnienia wyników o nieznanym znaczeniu.