Zdiagnozowana, chlamydia może być łatwo leczona i wyleczona, jak opisano powyżej. Chlamydia jest poważnym zagrożeniem dla zdrowia, szczególnie dla kobiet. Nieleczona, chlamydia może powodować poważne, kosztowne problemy zdrowotne związane z reprodukcją i inne, które obejmują zarówno krótko- jak i długoterminowe konsekwencje, w tym chorobę zapalną miednicy (PID), która jest krytycznym ogniwem niepłodności i potencjalnie śmiertelnej ciąży tubalnej. PID może spowodować blizny i zablokować jajowody. To może uczynić kobietę bezpłodną i niezdolną do zajścia w ciążę. Zapłodnione jaja mogą nie dotrzeć do macicy, ponieważ jajowody są zablokowane. Jeśli rozwijają się one w jajowodach, nazywa się to ciążą pozamaciczną lub ciążą w jajowodach. Kobieta może umrzeć, jeśli ciąża rozwija się poza macicą. Zazwyczaj konieczna jest operacja w trybie nagłym. Kobiety z PID jajowodów są 7-10 razy bardziej narażone na ciążę pozamaciczną niż inne kobiety.

Chlamydia może również uczynić mężczyzn bezpłodnymi. Może ona rozprzestrzeniać się z cewki moczowej do jąder. Następnie może doprowadzić do stanu zwanego zapaleniem najądrza. Zapalenie najądrzy może powodować bezpłodność. Objawy obejmują gorączkę, a także obrzęk i zmienny stopień bólu w mosznie.

Chlamydia może również powodować niekorzystne wyniki ciąży, w tym zapalenie spojówek noworodków (zakażenia oczu noworodków) i zapalenie płuc. Ponadto, ostatnie badania wykazały, że kobiety zakażone chlamydią mają 3 – 5-krotnie zwiększone ryzyko nabycia HIV, w przypadku ekspozycji.

.