Fungus gnats z rodziny Sciaridae mogą być szkodnikami. Są one zazwyczaj nieszkodliwe dla zdrowych roślin i ludzi, ale mogą wyrządzić rozległe szkody w sadzonkach; ich obecność może wskazywać na poważniejsze problemy. W roślinach domowych obecność ziemiórek może wskazywać na nadmierne podlewanie; mogą one żerować na korzeniach, które były zbyt długo zanurzone w wodzie i w związku z tym gniją, lub skrzaty mogą być przyciągane przez grzyby rosnące w nasyconej wierzchniej warstwie gleby. Pozostawienie gleby do wyschnięcia może więc zmniejszyć ich liczebność. Szkodniki te są czasami zwalczane także przez umieszczenie warstwy piasku lub ściółki na wierzchu gleby wokół roślin; przez wprowadzenie roztoczy Hypoaspis miles lub zastosowanie biologicznego larwicydu Bacillus thuringiensis (var. israelensis) w celu zabicia larw gnatów; przez coroczne zanurzanie gleby w mydle owadobójczym. Nadtlenek wodoru może zostać zmieszany z wodą i użyty do zabicia larw gnatarza w zainfekowanej glebie. Mieszanina składa się z jednej części 3% nadtlenku wodoru zmieszanego z czterema częściami wody, a następnie naniesiona na glebę. Dorośli mogą być uwięzieni za pomocą lepkich pułapek wykonanych z żółtego kartonu lub ciężkiego papieru pokrytego klejem, ponieważ dorośli są przyciągani do koloru żółtego.

Ponieważ gnaty są słabymi lotnikami, pułapki oparte na wentylatorze, jak również inne urządzenia zabijające muchy mogą być używane do pomocy w kontroli swobodnie latających gnatów, szczególnie w pomieszczeniach. Istnieje wiele toksycznych i nietoksycznych metod kontrolowania ziemiórek i ich larw, w tym nicieni, ziemi okrzemkowej lub sproszkowanego cynamonu.

Komercyjne szklarnie zazwyczaj stosują regulator wzrostu owadów diflubenzuron do kontroli gnatów grzybowych i ich larw. Jest on stosowany do zainfekowanej gleby i zabija larwy gnatarza przez 30-60 dni od pojedynczego zastosowania. Jego mechanizm działania polega na zakłócaniu produkcji i odkładania chityny, a także wyzwala u larw owadów przedwczesne łączenie bez prawidłowo uformowanego egzoszkieletu, co prowadzi do śmierci larw. Mimo że jest on ukierunkowany na larwy gnatarza, należy zachować ostrożność przy jego stosowaniu, gdyż jest on silnie toksyczny dla bezkręgowców wodnych. Diflubenzuron zazwyczaj nie działa toksycznie na osobniki dorosłe; dotyczy to tylko larw.